Morton c. Canada (Pêches et Océans)

Morton c. Canada (Pêches et Océans)
Base de données – Cour (s)
Décisions de la Cour fédérale
Date
2019-02-04
Référence neutre
2019 CF 143
Numéro de dossier
T-1710-16, T-430-18, T-744-18
Notes
Une correction fut apportée le 3 Février 2020 Une correction fut apportée le 14 mai 2020.
Décision rapportée
Contenu de la décision
Date : 20190204
Dossiers : T‑1710‑16
T‑430‑18
T‑744‑18
Référence : 2019 CF 143
[TRADUCTION FRANÇAISE CERTIFIÉE, NON RÉVISÉE]
Ottawa (Ontario), le 4 février 2019
En présence de madame la juge Strickland
ENTRE :
ALEXANDRA MORTON
demanderesse
et
LE MINISTRE DES PÊCHES ET DES OCÉANS, MARINE HARVEST CANADA INC. et CERMAQ CANADA LTD.
défendeurs
Dossier : T‑430‑18
ET ENTRE :
PREMIÈRE NATION DES NAMGIS
demanderesse
et
LE MINISTRE DES PÊCHES ET DES OCÉANS,
LA GARDE CÔTIÈRE CANADIENNE, MARINE HARVEST CANADA INC. et CERMAQ CANADA LTD.
défendeurs
Dossier : T‑744‑18
ET ENTRE :
PREMIÈRE NATION DES NAMGIS
demanderesse
et
LE MINISTRE DES PÊCHES ET DES OCÉANS,
LA GARDE CÔTIÈRE CANADIENNE et MARINE HARVEST CANADA INC.
défendeurs
JUGEMENT ET MOTIFS CORRIGÉS
TABLE DES MATIÈRES
Table des matières
I. INTRODUCTION 4
II. LES PARTIES 6
A. Mme Morton 6
B. La Première Nation des Namgis 7
C. Le ministre 8
D. Marine Harvest Canada Inc. 9
E. Cermaq Canada Ltd. 9
III. LE CONTEXTE 9
A. La législation applicable 9
La Loi sur les pêches 9
Le Règlement de pêche (dispositions générales) 10
Le Règlement du Pacifique sur l’aquaculture 12
B. La décision Morton 2009 12
C. Le cycle de production d’une ferme piscicole 13
D. Le RVP et l’IMSC 15
E. La décision Morton 2015 17
F. Les permis de transfert après l’affaire Morton 2015 22
IV. LA POLITIQUE CONCERNANT LE RVP 24
A. Les décisions antérieures 24
i) La décision de juin‑juillet 2015 25
ii) La décision de septembre 2015 25
iii) La décision de juin 2016 25
iv) La décision du 30 janvier 2017 26
v) La décision du 9 mars 2018 27
vi) La décision du 28 juin 2018 27
G. La décision faisant l’objet du présent contrôle 28
i) La réponse des Sciences du SCCS de 2015 29
ii) La note de service adressée à la DGR du 30 janvier 2017 32
iii) La réponse rapide des Sciences de mars 2018 35
iv) La réponse rapide des Sciences de juin 2018 44
V. LA REQUÊTE EN INJONCTION DE LA PREMIÈRE NATION DES NAMGIS (T‑430‑18) 49
VI. LES QUESTIONS EN LITIGE 50
VII. ANALYSE 52
A. La question no 1 : La décision sur la Politique concernant le RVP est‑elle raisonnable (T‑1710‑16 et T‑430‑18)? 52
i) Question préliminaire – Les requêtes fondées sur l’article 312 des Règles (T‑1710‑16) 52
ii) La norme de contrôle applicable 71
iii) Le ministre a‑t‑il interprété l’article 56 du RPDG de manière raisonnable? 74
iv) Le ministre a‑t‑il dérogé au principe de précaution? 91
v) Le ministre a‑t‑il fait abstraction de l’état de santé des saumons sauvages? 103
vi) Le ministre a‑t‑il agi de mauvaise foi (T‑430‑18)? 130
B. La question no 2 : Le ministre a‑t‑il manqué à l’obligation de consulter la PNN au sujet de la décision sur la Politique concernant le RVP (T‑430‑18)? 167
i) Le sommaire des thèses des parties 167
ii) La norme de contrôle applicable 169
iii) La jurisprudence pertinente 170
iv) Les consultations antérieures du MPO 177
v) Analyse 190
C. La question no 3 : La décision de délivrer le permis de transfert à Marine Harvest est‑elle raisonnable (T‑744‑18)? 206
i) Le ministre a‑t‑il manqué à l’obligation de consultation? 208
ii) Le permis de transfert pour l’installation de l’île Swanson a‑t‑il été délivré en violation de l’article 56 du RPDG? 208
iii) Le ministre a‑t‑il manqué à l’obligation d’équité procédurale? 209
iv) La requête du ministre en vue de faire radier l’avis de demande 216
v) La requête de Marine Harvest en vue de faire radier l’affidavit no 2 de M. Drastil 219
i) Le dossier T‑1710‑18 221
ii) Le dossier T‑430‑18 223
iii) Le dossier T‑744‑18 225
E. La question no 5 : Les dépens 233
i) Le dossier T‑1710‑16 233
ii) Les dossiers T‑430‑18 et T‑744‑18 235
VIII Jugement……………………………………………………………………………….241
I. INTRODUCTION
[1] Le Règlement de pêche (dispositions générales), DORS/93‑53 (le « RPDG »), pris en vertu de la Loi sur les pêches, LRC (1985), c 14 (la « Loi sur les pêches » ou la« Loi »), fait partie du régime canadien de gestion des pêches. Il exige que le ministre des Pêches (le « ministre ») délivre un permis avant que l’on puisse transférer des poissons vivants dans un habitat du poisson ou dans une installation d’élevage. Le ministre ne peut délivrer un tel permis que si les conditions énoncées à l’article 56 du RPDG sont remplies. Les trois demandes de contrôle judiciaire dont il est question en l’espèce ont toutes trait à des contestations de la politique qu’applique le ministre, soit celle de délivrer des permis pour les transferts de saumons vivants en milieu marin sans exiger que l’on procède au dépistage de certains agents pathogènes et de certaines maladies qui touchent les saumons. Plus précisément, le ministère des Pêches et des Océans (le « MPO ») a pour politique de ne pas faire effectuer de tests de dépistage de l’orthoréovirus pisciaire (le « RVP »), aussi appelé réovirus pisciaire, ou d’une maladie appelée « inflammation des muscles squelettiques et cardiaques » (l’« IMSC ») avant de délivrer des permis en vue du transfert de saumons juvéniles entre des écloseries sur terre et des parcs en filet en mer dans le cadre d’activités aquacoles ou de libérations effectuées dans le cadre de programmes de mise en valeur des saumons sauvages (la « Politique concernant le RVP »). Le MPO a réexaminé – mais maintenu – la Politique concernant le RVP à plusieurs reprises. Le réexamen le plus récent, daté du 28 juillet 2018, constitue la décision qui fait l’objet du contrôle en l’espèce (« la décision sur la Politique concernant le RVP »).
[2] Alexandra Morton (« Mme Morton »), la demanderesse dans le dossier T‑1710‑16, et la Première Nation des Namgis (la PNN), la demanderesse dans le dossier T‑430‑18, contestent toutes deux le caractère raisonnable de la décision sur la Politique concernant le RVP. La PNN soutient en outre que le ministre a manqué à l’obligation de la consulter au sujet de cette politique. Elle a également déposé une seconde demande de contrôle judiciaire, le dossier T‑744‑18, par laquelle elle cherche à faire annuler un permis de transfert que le MPO a délivré à une entreprise salmonicole, Marine Harvest Canada Inc. (« Marine Harvest »), aux motifs que ce permis a été délivré en contravention à l’article 56 du RPDG, que la décision de le délivrer était déraisonnable et que le ministre a manqué, à l’obligation de la consulter avant de délivrer ce permis ainsi qu’à l’obligation d’équité procédurale à laquelle il était tenu envers elle.
[3] Les trois demandes de contrôle judiciaire ont été entendues consécutivement pendant cinq jours, à Vancouver en Colombie‑Britannique (« C.‑B. »). De plus, 10 requêtes ont été déposées dans le cadre des demandes dont il est question en l’espèce, et la juge chargée de la gestion de l’instance, la protonotaire Aylen, a décidé qu’elles devaient être tranchées par le juge des demandes.
[4] En raison du chevauchement des faits et des questions en litige, j’examine les trois demandes ensemble dans les présents motifs et je traite des diverses requêtes dans le contexte de la demande et du point en litige pertinents.
II. LES PARTIES
A. Mme Morton
[5] Mme Morton est une biologiste qui, depuis 1984, vit et travaille dans l’archipel Broughton, lequel est situé dans le détroit de la Reine‑Charlotte, entre l’île de Vancouver et la partie continentale de la Colombie‑Britannique. Ce secteur comporte une grande concentration de sites aquacoles dotés de parcs en filet, ou « fermes piscicoles ». Mme Morton s’intéresse depuis longtemps à l’impact potentiel de la salmoniculture sur l’écosystème marin de la zone côtière de la Colombie‑Britannique, en particulier, ainsi qu’à l’effet de l’aquaculture sur la santé des saumons sauvages. Il s’agit là d’une cause qui lui tient particulièrement à cœur. Elle s’est vu accorder antérieurement la qualité pour agir dans l’intérêt public dans l’affaire Morton c British Columbia (Agriculture and Lands), 2009 BCSC 136 (« Morton 2009 »), dans laquelle la réglementation provinciale en matière de salmoniculture en Colombie‑Britannique a été contestée avec succès. Elle a également obtenu la qualité pour agir, de pair avec la Raincoast Research Society et la Pacific Wild Coast Salmon Society, dans le cadre de la Commission d’enquête sur le déclin des populations de saumon rouge du fleuve Fraser, dont les résultats ont été publiés dans le document suivant : Canada, Commission d’enquête sur le déclin des populations de saumon rouge du fleuve Fraser, L’avenir incertain du saumon rouge du fleuve Fraser, Ottawa, Travaux publics et Services gouvernementaux Canada, 2012 (la « Commission Cohen »), et ce, sur le fondement d’un intérêt direct et important quant à la question de savoir si l’aquaculture est une cause du déclin du saumon rouge dans le fleuve Fraser, ainsi qu’à celle des politiques et des procédures du MPO qui se rapportent à l’aquaculture.
[6] Par ailleurs, Mme Morton était la demanderesse dans l’affaire Morton c Canada (Pêches et Océans), 2015 CF 575 (« Morton 2015 »). Bien que cette décision soit d’une grande pertinence pour ce qui est des demandes dont il est question en l’espèce, il suffit de signaler que Mme Morton a contesté avec succès certaines conditions d’un permis d’aquaculture accordé à Marine Harvest en lien avec le transfert de poissons d’élevage. Dans la décision Morton 2015, le juge Rennie a fait remarquer que Mme Morton avait engagé cette instance dans l’intérêt du public et que sa qualité pour agir n’était pas contestée. Dans le même ordre d’idées, la qualité pour agir de Mme Morton n’est pas contestée dans la demande de contrôle judiciaire qu’elle a déposée dans le cadre du dossier T‑1710‑16.
B. La Première Nation des Namgis
[7] La PNN est une bande au sens de la Loi sur les Indiens, LRC 1985, c I‑5, et ses membres font partie des « peuples autochtones » au sens de l’article 35 de la Loi constitutionnelle de 1982, constituant l’annexe B de la Loi de 1982 sur le Canada (R.‑U.), c 11 (la « Loi constitutionnelle de 1982 »).
[8] Don Svanvik, le conseiller en chef élu de la PNN (le « chef Svanvik ») est l’auteur d’un affidavit souscrit le 7 mars 2018 (« l’affidavit du chef Svanvik »), qui a été déposé dans les dossiers T‑430‑18 et T‑744‑18. Cet affidavit décrit, notamment, l’histoire de la PNN, sa culture ainsi que ses revendications fondées sur un titre et des droits ancestraux.
[9] La PNN soutient que son territoire traditionnel englobe dans leur intégralité les bassins versants des rivières Nimpkish et Kokish, qui sont situées dans le nord de l’île de Vancouver, de même que les zones marines adjacentes qui se situent à l’intérieur ou autour de l’île Malcolm, de l’île Cormorant, de l’île Swanson, de l’île Hanson, de l’île Foster et du groupe d’îles Plumber et Pearce, le territoire qu’elle revendique. Elle considère que la rivière Nimpkish, sur l’île de Vancouver, est située au cœur de son territoire et revêt une importance considérable pour la collectivité.
[10] La PNN revendique les droits et titre ancestraux sur l’ensemble de ce territoire, ce qui inclut le titre afférent aux terres, à l’eau, à l’air, à la zone intertidale marine et au fond marin, de même que les droits de pêche, de chasse, de cueillette et de gouvernance. En particulier, elle affirme que les saumons sauvages du Pacifique, dont le saumon rouge, le saumon kéta, le saumon rose, le saumon chinook (aussi appelé saumon quinnat) et le saumon coho, font partie intégrante de son histoire et de ses traditions orales ainsi que de son mode de vie, de son économie, de sa culture, de ses cérémonies, de son alimentation et de ses activités commerciales. Elle allègue de plus qu’il y a eu un net déclin des populations de saumons du Pacifique sauvages dans le territoire qu’elle revendique.
C. Le ministre
[11] Le ministre est chargé de l’application de la Loi sur les pêches et, sous le régime de celle‑ci, il a le vaste pouvoir discrétionnaire d’autoriser et de délivrer des permis de pêche, ce qui inclut les permis d’aquaculture et les permis de transfert de poissons.
D. Marine Harvest Canada Inc.
[12] Marine Harvest exploite une entreprise piscicole, et elle est l’une des quatre grandes entreprises d’élevage de saumons en Colombie‑Britannique. Au mois de novembre 2017, elle était titulaire de 56 des 119 permis d’aquaculture délivrés par le MPO et autorisant l’exploitation d’une installation aquacole dans cette province. La totalité de ses installations font l’objet d’un permis d’élevage de saumons atlantiques. Elle possède 12 fermes piscicoles dans la région de l’archipel Broughton, dont le site connu sous le nom d’« installation de l’île Swanson ».
E. Cermaq Canada Ltd.
[13] Cermaq se décrit comme la deuxième plus grosse entreprise de salmoniculture en Colombie‑Britannique, et elle représente environ 25 % de l’industrie salmonicole. Elle possède 28 sites d’élevage de poissons en Colombie‑Britannique et exploite environ 20 fermes piscicoles. Chaque site détient un permis d’élevage de poissons de mer délivré par le MPO et autorisant Cermaq à exercer des activités aquacoles. Cermaq et Marine Harvest représentent à elles deux environ 82 % de l’industrie salmonicole en Colombie‑Britannique.
III. LE CONTEXTE
A. La législation applicable
La Loi sur les pêches
[14] La Loi sur les pêches régit les pêches au Canada, et l’article 7 confère au ministre le vaste pouvoir discrétionnaire de délivrer des permis de pêche, dont des permis d’aquaculture :
7 (1) En l’absence d’exclusivité du droit de pêche conférée par la loi, le ministre peut, à discrétion, octroyer des baux et permis de pêche ainsi que des licences d’exploitation de pêcheries — ou en permettre l’octroi —, indépendamment du lieu de l’exploitation ou de l’activité de pêche.
Le Règlement de pêche (dispositions générales)
[15] Le RPDG établit, pour la gestion des pêches, un cadre opérationnel général qui inclut la mise en application des conditions des permis nécessaires à la gestion et à la surveillance judicieuses des pêches de même qu’à la conservation et à la protection des poissons, qui sont compatibles avec ce règlement et d’autres règlements précisés, comme il est indiqué au paragraphe 22(1).
[16] La partie VIII du RPDG régit la libération de poissons vivants dans leur habitat ou dans des installations d’élevage. De tels transferts sont interdits sans permis :
54 Dans la présente partie, permis s’entend du permis autorisant la libération de poissons vivants dans leur habitat ou le transfert de poissons vivants dans des installations d’élevage.
55 (1) Sous réserve du paragraphe (2), il est interdit à quiconque, à moins d’y être autorisé en vertu d’un permis :
a) de libérer des poissons vivants dans tout habitat du poisson;
b) de transférer des poissons vivants dans des installations d’élevage.
(2) Le paragraphe (1) ne s’applique pas au poisson qui est immédiatement remis dans l’eau où il vient d’être pris.
[17] Aux termes de l’article 56, le ministre peut délivrer un permis si trois conditions précises sont remplies :
56 Le ministre peut délivrer un permis dans le cas où :
a) la libération ou le transfert des poissons est en accord avec la gestion et la surveillance judicieuses des pêches;
b) les poissons sont exempts de maladies et d’agents pathogènes qui pourraient nuire à la protection et à la conservation des espèces;
c) la libération ou le transfert ne risque pas d’avoir un effet néfaste sur la taille du stock de poisson ou sur les caractéristiques génétiques du poisson ou des stocks de poisson.
[18] Un aspect fondamental des demandes qui me sont soumises est la question de savoir si le ministre interprète l’article 56 de manière raisonnable.
Le Règlement du Pacifique sur l’aquaculture
[19] Aux termes du paragraphe 3(1) du Règlement du Pacifique sur l’aquaculture, DORS/2010‑270 (« le RPA »), le ministre peut délivrer un permis d’aquaculture autorisant une personne à pratiquer l’aquaculture et d’autres activités réglementaires, lesquelles sont interdites à moins d’être autorisées par un permis. Et, pour ce qui est de la gestion et de la supervision judicieuses des pêches ainsi que de la conservation et de la protection des poissons, le ministre peut assortir un permis d’aquaculture, en plus des conditions prévues au paragraphe 22(1) du RPDG, des conditions concernant les sujets énumérés à l’article 4 du RPA.
B. La décision Morton 2009
[20] Dans la décision Morton 2009, la Cour suprême de la Colombie‑Britannique a décrété qu’en Colombie‑Britannique la pisciculture est une activité de pêche qui relève de la compétence exclusive du gouvernement fédéral en vertu du paragraphe 91(12) de la Loi constitutionnelle de 1867 (R.‑U.), 30 et 31 Vict, c 3, reproduite dans LRC 1985, annexe II, no 5. Par suite de cette décision, et comme nous le verrons plus loin, à compter de 2010, le MPO a exercé le pouvoir de réglementation sur la gestion de l’aquaculture.
C. Le cycle de production d’une ferme piscicole
[21] La vie d’un saumon d’élevage débute dans une écloserie. Les œufs et la laitance sont prélevés chez des géniteurs adultes. Les œufs fécondés sont incubés pendant une période de 7 à 8 semaines dans des écloseries d’eau douce sur la terre ferme. Lors de l’éclosion, les poissons portent le nom d’alevins vésiculés. Après la résorption du sac vitellin, ils sont appelés alevins et, durant l’année qui suit, ils sont élevés dans des réservoirs situés dans l’écloserie. Une fois que le jeune saumon est prêt à entrer dans l’eau salée, il porte le nom de smolt.
[22] Avant de transférer des smolts d’une écloserie en eau douce à un site d’élevage en mer, le titulaire du permis d’aquaculture applicable doit demander et obtenir un permis de transfert, qui est délivré en vertu de l’article 56 du RPDG. En Colombie‑Britannique, les fermes piscicoles les plus courantes sont des installations dans lesquelles les poissons sont contenus dans des filets ou dans des cages en suspension dans la mer et au travers desquelles l’eau de la mer circule librement.
[23] Les smolts restent dans les fermes piscicoles marines jusqu’à ce qu’ils soient prêts à être récoltés, c’est‑à‑dire environ deux ans, dans le cas du saumon atlantique, et 18 mois, dans le cas du saumon chinook.
[24] Le nombre de saumons élevés dans ces fermes au cours d’un cycle de production caractéristique peut varier entre 200 000 et 650 000 individus. En Colombie‑Britannique, 116 fermes d’élevage de poissons de mer font actuellement l’objet de permis, dont 80 sont actives, ce qui signifie que dans les eaux de la province on élève en tout temps entre 16 et 52 millions de poissons. Il existe quatre grandes entreprises de salmoniculture, dont Marine Harvest et Cermaq. Le saumon atlantique est la principale espèce de saumon d’élevage que l’on produit dans la province, et la production de saumons chinooks est moins élevée. À l’heure actuelle, 28 écloseries terrestres font l’objet d’un permis.
[25] Le transfert des smolts se fait non seulement en aquaculture, mais aussi dans le contexte de la mise en valeur des saumons, où les poissons sont élevés dans des écloseries terrestres jusqu’au stade de smolts, avant d’être libérés dans le milieu marin naturel où ils atteindront leur maturité, stade auquel ils s’intègrent à la population de saumons sauvages.
[26] Le Programme de mise en valeur des salmonidés (le « PMVS ») est autorisé par le MPO. On compte à l’heure actuelle 132 permis du PMVS qui autorisent à élever des saumons du Pacifique en vue de leur libération, répartis entre 18 écloseries exploitées par le MPO, 99 écloseries communautaires et 15 installations en salle de classe.
D. Le RVP et l’IMSC
[27] Comme nous le verrons plus loin, le RVP (le réovirus pisciaire) et l’IMSC (l’inflammation des muscles squelettiques et cardiaques) sont des enjeux très actuels qui font l’objet d’un corpus croissant d’enquêtes scientifiques en constante évolution. Un aspect qui ne suscite aucune controverse est que le RVP est un virus hautement infectieux. Il a été reconnu pour la première fois en Norvège en 2010, et l’on sait maintenant qu’il est présent en Norvège, au Royaume‑Uni, en Irlande, au Chili, aux États‑Unis et au Canada. Il a été décelé pour la première fois sur la côte Ouest de l’Amérique du Nord chez des saumons atlantiques d’élevage, dans le cadre d’échantillonnages de vérification réalisés en 2010. Certains scientifiques croient qu’en Colombie‑Britannique le RVP a d’abord divergé de la souche norvégienne du RVP (le « RVP norvégien ») vers 2007, mais le MPO est maintenant d’avis que, d’après de récentes analyses d’échantillons tissulaires archivés entre 1987 et 1994, une variante du RVP du Pacifique Nord (le « RVP de la C.‑B. ») est présente depuis nettement plus longtemps chez les salmonidés qui vivent le long de la côte du Pacifique de l’Amérique du Nord. En Colombie‑Britannique, on trouve aujourd’hui le RVP chez les saumons tant d’élevage que sauvages, de même que chez d’autres espèces.
[28] L’IMSC est une maladie infectieuse. D’après le MPO, elle a été décrite pour la première fois chez des saumons atlantiques d’élevage en 1999, en Norvège, où elle est devenue un problème de production pour la salmoniculture norvégienne. Dans ce pays, l’IMSC fait actuellement partie des quatre maladies les plus fréquentes en salmoniculture, et le nombre d’éclosions survenant chaque année a augmenté, passant de 54 à 142 entre 2004 et 2012.
[29] En Norvège, l’IMSC est caractérisée par une mortalité qui varie d’un taux négligeable à un taux de 20 % et par une morbidité pouvant atteindre 100 % au sein des populations touchées. Dans les fermes piscicoles norvégiennes, les signes cliniques de l’IMSC, qui apparaissent habituellement de 5 à 9 mois après le transfert en eau salée, sont notamment les suivants : comportement de nage anormal, perte d’appétit ou anorexie, et détérioration de l’état général. La présence de l’IMSC est aujourd’hui signalée chez des saumons atlantiques d’élevage en Écosse, au Chili et en Norvège. En 2017, une étude d’échantillons de tissus prélevés en 2013-2014 a également confirmé la présence de la maladie dans une pisciculture de saumons atlantiques en Colombie‑Britannique.
[30] Un aspect plus controversé est le lien qui existe entre le RVP, l’IMSC et d’autres maladies. En 2017, une étude norvégienne a conclu que le RVP était la cause de l’IMSC chez le saumon atlantique. Au Canada toutefois, une étude de provocation par le RVP, réalisée en 2016, a conclu que la souche du RVP de la C.‑B., bien que transmissible ou infectieuse, présentait une faible pathogénicité dans le cas du saumon chinook, du saumon rouge et du saumon atlantique. Autrement dit, même si des poissons ayant subi une infection expérimentale peuvent présenter d’importantes charges en RVP de la C.‑B., ce virus n’est pas la cause de maladie ou de mortalité chez ces espèces. Aucun autre agent pathogène n’a été identifié comme étant la cause de l’IMSC en Colombie‑Britannique. Le RVP est également associé à d’autres affections, dont la jaunisse.
[31] L’allégation que la politique du MPO – qui consiste à ne pas effectuer de tests de dépistage du RVP – met en péril les saumons du Pacifique sauvages est au cœur des demandes de Mme Morton et de la PNN.
E. La décision Morton 2015
[32] Dans la décision Morton 2015, Mme Morton a soulevé la question de savoir si certaines conditions dont était assorti un permis d’aquaculture délivré à Marine Harvest pour les activités qu’elle menait à Shelter Bay (Colombie‑Britannique) répondaient aux exigences de l’article 56 du RPDG ou étaient compatibles avec cette disposition.
[33] La condition 3.1 du permis en question avait trait au transfert de poissons :
[traduction]
3. Transfert de poissons
3.1 Le titulaire de permis peut transférer à son installation des saumons atlantiques ou du Pacifique vivants en provenance d’une installation pour laquelle un permis d’aquaculture valide a été délivré conformément à l’article 3 du Règlement du Pacifique sur l’aquaculture entre les zones de santé des poissons décrites à l’annexe VI, à la condition que les transferts soient effectués à l’intérieur d’une seule et même zone de transfert des salmonidés décrite à l’annexe II et pourvu qu’il soit satisfait aux conditions suivantes :
(a) […]
(b) le titulaire de permis doit avoir obtenu la confirmation écrite et signée, de la part du vétérinaire ou du personnel responsable de la santé des poissons de l’installation d’origine, indiquant que, selon son jugement professionnel :
(i) le taux de mortalité des stocks élevés à l’installation d’origine, à l’exception des œufs, au sein de tout stock élevé à l’installation d’origine, n’a pas dépassé 1 % par jour attribuable à des maladies infectieuses, pendant 4 jours consécutifs au cours de la période d’élevage;
(ii) le stock à transférer de l’installation d’origine n’affiche aucun signe de maladie clinique nécessitant un traitement;
(iii) aucun stock à l’installation d’origine n’a été atteint, pour autant que l’on sache, d’une maladie figurant à l’annexe IV;
(iv) lorsque les conditions des sous‑alinéas 3.1(b)(i) ou 3.1(b)(iii) ne peuvent être respectées, le transfert peut tout de même avoir lieu si le vétérinaire de l’installation a effectué une évaluation des risques, en examinant les registres sur la santé des poissons de l’installation, des rapports de diagnostic, une évaluation de la compartimentation des stocks et les mesures de biosécurité connexes et qu’il a jugé que le transfert présentait un faible risque.
[34] Le juge Rennie, qui, à l’époque, siégeait à la Cour fédérale, a conclu que la condition 3.1 du permis autorisant le transfert de poissons découlait de la partie VIII du RPDG et que les conditions de ce permis devaient respecter les dispositions de l’article 56 de ce règlement.
[35] De plus, il a conclu qu’il était possible de régler la question de savoir si le permis respectait les dispositions réglementaires qui le régissaient en faisant une analogie avec les principes de base de l’interprétation législative. C’est‑à‑dire qu’à l’instar du fait qu’un règlement qui est incompatible avec les dispositions législatives habilitantes ne peut pas réaliser les objets de la loi, toute condition d’un permis qui entre en conflit avec les dispositions réglementaires de fond ne peut non plus réaliser les objets du régime réglementaire. À cet égard, le paragraphe 22(1) du RPDG prévoyait qu’une condition du permis ne pouvait pas entrer en conflit avec ce règlement ou quelque chose qu’il excluait. Comme l’a conclu le juge Rennie :
[56] Le sens ordinaire des mots « de maladies et d’agents pathogènes » (en anglais « any disease or agent ») porte à croire que ce membre de phrase ne vise pas seulement les quelques maladies recensées dans le cadre d’une politique et énumérées à l’annexe IV. L’obligation légale du ministre en vertu de l’article 56 s’étend à toutes les maladies et à tous les agents pathogènes « qui pourraient nuire à la protection et à la conservation des espèces ». Cette interprétation de l’alinéa 56b) cadre avec une approche téléologique et contextuelle, puisqu’elle favorise la conservation de la ressource, qui est l’obligation première du ministre sous le régime de la Loi sur les pêches : R c Marshall, [1999] 3 RCS 533, au paragraphe 40. Cette interprétation s’accorde également avec le principe de précaution, qui aurait été pris en compte selon le ministre. J’examinerai cette question plus avant à la partie VII des présents motifs.
[57] Encore une fois, une analyse téléologique, contextuelle et selon le sens ordinaire des mots « qui pourraient nuire » porte à croire que ce membre de phrase vise toute maladie ou tout agent pathogène qui est susceptible de nuire à la protection et à la conservation du poisson. Cette approche interprétative s’accorde encore une fois avec le principe de précaution, qui veut essentiellement que, lorsqu’il existe un risque de préjudice grave et irréversible, l’absence de certitude scientifique ne serve pas de prétexte pour ajourner ou omettre la prise de mesures de conservation et de gestion raisonnables et rentables pour composer avec ce risque (Commission Cohen, volume 3, à la page 20). Je note, à cet égard, que, bien que le l’IMSC ait été identifié pour la première fois en 1999 et qu’il soit apparu en Écosse en 2005, puis au Chili, ce serait une inférence déraisonnable à tirer des éléments de preuve que de dire qu’il n’apparaîtra pas chez les saumons de l’Atlantique élevés sur la côte du Pacifique.
[Souligné et en italique dans l’original.]
[36] Le juge Rennie a ensuite conclu que les conditions 3.1(b)(i) et (iii) étaient raisonnablement compatibles avec l’alinéa 56b) du RPDG. La condition 3.1(b)(i) fixait des critères de transfert clairs et objectifs qui, pouvait‑on démontrer, étaient liés à cet alinéa. La condition 3.1(b)(iii) excluait tout transfert dans le cas où l’on savait que le stock était atteint d’une maladie énumérée qui pouvait avoir un impact important sur les pêches. Autrement dit, la condition 3.1(b)(iii) constituait une expression raisonnable de l’exigence, prévue à l’alinéa 56b), à savoir qu’un transfert de poissons ne pouvait avoir lieu que si ces poissons étaient exempts de maladies et d’agents pathogènes qui pourraient nuire à la protection et à la conservation des poissons.
[37] Toutefois, les conditions 3.1(b)(ii) et (iv) étaient incompatibles avec l’alinéa 56b) du RPDG. En autorisant un titulaire de permis à transférer des poissons si le stock [traduction] « n’affiche aucun signe de maladie clinique nécessitant un traitement », la condition 3.1(b)(ii) établissait une norme moins exigeante que celle prescrite à l’alinéa 56b), lequel dispose qu’aucun transfert ne peut avoir lieu si les poissons ne sont pas exempts « de maladies et d’agents pathogènes » qui pourraient causer des dommages, et elle contredisait le libellé clair de cette disposition. Le juge Rennie a conclu que le fait de n’afficher aucun signe de maladie était un critère moins exigeant que celui que prescrivait le régime réglementaire, à savoir que les poissons devaient être « exempts de maladies et d’agents pathogènes ». De plus, le RPDG était axé sur la santé de la ressource en général, et non sur celui du produit ou du stock d’élevage. La condition 3.1(b)(iii), telle qu’elle était formulée, n’indiquait pas clairement si – ou de quelle manière – le personnel de Marine Harvest devait déterminer si les poissons avaient des maladies ou étaient porteurs d’agents pathogènes. Il a ajouté qu’il n’y avait aucun lien ou rapport scientifique entre l’exigence réglementaire (qui visait à protéger la ressource) et la condition du permis (qui visait le stock).
[38] Quant à la condition 3.1(b)(iv), celle‑ci permettait au titulaire de permis de passer outre aux conditions 3.1(b)(i) et 3.1(b)(iii) si le vétérinaire de l’installation avait procédé à une évaluation des risques et s’il jugeait que les [traduction] « risques du transfert étaient faibles ». Le juge Rennie a conclu que cela contournait l’alinéa 56b) du RPDG ainsi que l’exigence réglementaire imposée au ministre d’autoriser les transferts uniquement dans les cas où les poissons étaient « exempts de maladies et d’agents pathogènes qui pourraient nuire à la protection et à la conservation des espèces ». En fait, la condition contournait les exigences réglementaires de l’alinéa 56b) et autorisait Marine Harvest à effectuer des transferts dans des conditions moins exigeantes que celles qui étaient établies par la loi. De plus, le ministre avait de manière irrégulière sous‑délégué à Marine Harvest, qui était titulaire du permis, le pouvoir de déterminer en dernier ressort si un transfert était permis.
[39] En outre, les conditions 3.1(b)(ii) et (iv) étaient incompatibles avec l’alinéa 56b) du RPDG au regard du principe de précaution. Le juge Rennie a conclu que l’alinéa 56b), convenablement interprété, intégrait ce principe :
[97] À mon avis, l’alinéa 56b) du RPDG, interprété correctement, donne corps au principe de précaution. Premièrement, l’alinéa 56b) interdit au ministre de délivrer un permis de transfert si une maladie ou des agents pathogènes sont présents qui « pourraient nuire à la protection et à la conservation des espèces ». Le membre de phrase « pourraient nuire » n’exige pas une certitude scientifique, et d’ailleurs, il n’exige même pas que le transfert puisse vraisemblablement être nuisible. Dans le même ordre d’idées, le membre de phrase « de maladies et d’agents pathogènes » à l’alinéa 56b) ne devrait pas être interprété comme exigeant un consensus scientifique unanime selon lequel un agent pathogène (p. ex. le l’OP) est la cause de la maladie (p. ex. l’IMSC).
[98] La conséquence de l’interprétation de l’alinéa 56b) en accord avec le principe de précaution est que les conditions du permis doivent également refléter le principe de précaution. Puisque les conditions du permis ne peuvent pas déroger à l’alinéa 56b) ni être incompatibles avec celui‑ci, elles ne peuvent donc pas déroger au principe de précaution. Comme je l’ai noté précédemment, le ministre n’a pas tenté de démontrer que la condition 3.1(b)(iv) était compatible avec le principe de précaution; il a confiné son argumentation à cet égard aux conditions 3.1(b)(i), (ii) et (iii) du permis.
[99] À mon avis, l’argument du ministre ne peut prospérer. Pour les raisons données, les conditions 3.1(b)(ii) et (iv) sont incompatibles avec l’alinéa 56b), et donc, avec le principe de précaution. Les conditions minent les exigences de l’alinéa 56b), une disposition conçue pour anticiper et prévenir les dommages même en l’absence de certitude scientifique que ces dommages surviendront effectivement.
[40] Il a donc été conclu que les conditions 3.1(b)(ii) et (iv) étaient nulles et sans effet et elles ont été retranchées du permis d’aquaculture délivré à Marine Harvest.
[41] En juin 2016, le ministre a déposé un avis d’appel contre la décision du juge Rennie dans l’affaire Morton 2015. Il y a eu désistement de cet appel en janvier 2017.
F. Les permis de transfert après l’affaire Morton 2015
[42] Le juge Rennie a suspendu son jugement pour une période de quatre mois à compter de la date du prononcé. Le 8 septembre 2015, au moment de l’expiration de cette période, le ministre a délivré des permis d’aquaculture modifiés. Ceux‑ci comprenaient la condition 3.3 :
[traduction]
3.3 À compter du 8 septembre 2015 et jusqu’à nouvel ordre, il est interdit au titulaire de permis d’effectuer des transferts en application de la section 3.1 des présentes. À compter de cette date, le titulaire de permis est tenu de présenter une demande au Comité des introductions et des transferts de la Colombie‑Britannique en vue d’obtenir l’autorisation de transférer des poissons.
[43] Il ressort des éléments de preuve présentés par le MPO que la condition 3.3 est toujours en vigueur, que le MPO entend maintenir l’exigence qu’ont les titulaires de permis d’aquaculture de poissons de mer d’obtenir une autorisation distincte, par l’entremise du Comité des introductions et des transferts de la Colombie‑Britannique (le « CIT »), pour pouvoir transférer des poissons dans des sites piscicoles et entre ces derniers, et qu’il prévoit faire de cette exigence une condition standard lorsque les permis d’aquaculture seront renouvelés, à compter de 2022.
[44] À l’heure actuelle, pour chaque transfert de poissons entre les écloseries terrestres et les sites salmonicoles en mer, ainsi qu’entre les sites salmonicoles en mer eux‑mêmes, les aquaculteurs sont tenus de présenter une demande de permis pour les introductions et les transferts, de même qu’un formulaire de certificat sanitaire signé par le vétérinaire, le personnel chargé de la santé des poissons ou le gestionnaire de l’installation d’origine, des documents qui, de pair avec d’autres informations, sont évalués par le CIT. Ce dernier recommande ensuite au gestionnaire régional des Programmes d’aquaculture du MPO que la demande soit accueillie, avec ou non d’autres conditions de permis. Le gestionnaire régional du MPO, à titre de délégué du ministre, étudie ensuite la recommandation et décide s’il y a lieu de délivrer ou non un permis de transfert au nom du ministre, sous le régime du RPDG.
IV. LA POLITIQUE CONCERNANT LE RVP
[45] Comme il a déjà été mentionné, le ministre a instauré une Politique concernant le RVP qui permet de délivrer des permis de transfert en vertu de l’article 56 du RPDG sans faire subir aux poissons des tests de dépistage du RVP et de l’IMSC. Cette politique semble être non écrite et il ne ressort pas clairement du dossier à quel moment elle a pris effet. Toutefois, le dossier indique bel et bien que le ministre, par l’intermédiaire de sa déléguée, a décidé à six reprises de poursuivre l’application de la Politique concernant le RVP entre les mois de juin ou juillet 2015 et le 28 juin 2018, date de la décision la plus récente.
A. Les décisions antérieures
[46] Il est utile de résumer les décisions qui ont été prises antérieurement dans le contexte de la Politique concernant le RVP, ainsi que les documents sur lesquels s’appuient ces décisions et qui figurent dans les dossiers certifiés du tribunal (« DCT ») visés à l’article 318 des Règles, plus précisément la troisième version du DCT du ministre des Pêches et des Océans, qui est datée du 29 juin 2018 et qui a été déposée dans le dossier T‑1710‑16, ainsi que le DCT modifié, qui a été déposé dans le dossier T‑430‑18, car ils montrent que les décisions qu’a prises la déléguée de poursuivre l’application de la Politique sont, en fait, une série continue de décisions qui ont abouti à la décision du 28 juin 2018 sur la Politique concernant le RVP, faisant l’objet des demandes de contrôle judiciaire dont la Cour est saisie en l’espèce.
i) La décision de juin‑juillet 2015
Il n’existe aucun document faisant état de cette décision.
Le DCT contient :
a) une déclaration Web du MPO, datée de mai 2014 et portant sur le RVP;
b) un courriel interne, daté du 26 juin 2015, portant sur une déclaration concernant le RVP;
c) une publication du MPO intitulée « Réglementation et surveillance des installations de pisciculture marine de la Colombie‑Britannique 2011–2014 ».
ii) La décision de septembre 2015
Il n’existe aucun document faisant état de cette décision.
Le DCT contient :
a) une version définitive à faire approuver, avec suivi des changements, d’un document intitulé « Évaluation de la présence, de la répartition et des incidences potentielles du réovirus pisciaire sur la côte Ouest de l’Amérique du Nord », rédigé par le Secrétariat canadien de consultation scientifique (le « SCCS »).
iii) La décision de juin 2016
Il n’existe aucun document écrit faisant état de cette décision.
Le DCT contient :
a) une déclaration Web du MPO, datée de juin 2016, portant sur le RVP;
b) la réponse des Sciences 2015/037 (approuvée) du Secrétariat canadien de consultation scientifique (le « SCCS »), datée du 11 septembre 2015, intitulée « Évaluation de la présence, de la répartition et des incidences potentielles du réovirus pisciaire sur la côte ouest de l’Amérique du Nord »(« la Réponse des Sciences du SCCS de 2015 »);
c) une publication du MPO intitulée « Réglementation et surveillance des installations de pisciculture marine de la Colombie‑Britannique 2011–2014 ».
iv) La décision du 30 janvier 2017
Décision – Note de service destinée à la directrice générale régionale intitulée [traduction] « Approche de gestion à l’égard du RVP et de l’IMSC relativement aux transferts de poissons en Colombie‑Britannique (pour décision) », et approuvée le 30 janvier 2017 (« la note de service adressée à la DGR »).
Le DCT contient :
a) la réponse des Sciences du SCCS de 2015 (une pièce jointe à la note de service adressée à la DGR);
b) un aperçu scientifique relatif au RVP et de l’IMSC (MPO) (une pièce jointe à la note de service adressée à