Première nation Kwicksutaineuk Ah-Kwa-Mish c. Canada (Procureur général)

Première nation Kwicksutaineuk Ah-Kwa-Mish c. Canada (Procureur général)
Base de données – Cour (s)
Décisions de la Cour fédérale
Date
2012-05-03
Référence neutre
2012 CF 517
Numéro de dossier
T-70-11
Notes
Fiche analytique
Contenu de la décision
Cour fédérale
Federal Court
Date : 20120503
Dossier : T-70-11
Référence : 2012 CF 517
[TRADUCTION FRANÇAISE CERTIFIÉE, NON RÉVISÉE]
Ottawa (Ontario), le 3 mai 2012
En présence de monsieur le juge de Montigny
ENTRE :
LA PREMIÈRE NATION KWICKSUTAINEUK AH-KWA-MISH
demanderesse
et
LE PROCUREUR GÉNÉRAL DU CANADA, LE MINISTRE DES PÊCHES ET DES OCÉANS, MARINE HARVEST CANADA INC. ET EWOS CANADA LTD., s/n MAINSTREAM CANADA
défendeurs
MOTIFS DU JUGEMENT ET JUGEMENT
[1] Cette demande de contrôle judiciaire est une conséquence directe du jugement rendu par la Cour suprême de la Colombie-Britannique le 9 février 2009, Morton v British Columbia (Agriculture and Lands), 2009 BCSC 136, 174 ACWS (3d) 103 (la décision Morton), où elle a conclu que le régime provincial de réglementation de l’aquaculture était inconstitutionnel et que l’élevage de poissons relève exclusivement de la compétence fédérale. La Cour suprême de la Colombie-Britannique a invalidé le régime provincial de réglementation, qui selon elle outrepassait la compétence de l’Assemblée législative provinciale, mais a suspendu l’application de son jugement pour une période de 12 mois. Cette suspension en ensuite été prolongée jusqu’au 18 décembre 2010 (Morton v British Columbia (Agriculture and Lands), 2010 BCSC 100, 2 BCLR (5th) 306), afin que le fédéral dispose d’un délai suffisant pour étudier la question et établir un régime réglementaire fédéral.
[2] Ce jugement signifiait qu’environ 680 permis provinciaux d’aquaculture expireraient le 18 décembre 2010 et ne pourraient pas être renouvelés par la province. Le fédéral avait donc 22 mois pour mener des consultations et mettre en œuvre un régime entièrement nouveau de réglementation et d’autorisation des activités d’aquaculture et pour se préparer à délivrer des permis fédéraux d’aquaculture devant entrer en vigueur le 19 décembre 2010.
[3] À la suite de consultations portant sur le nouveau régime de réglementation et sur les modalités communes qui s’appliqueraient à chaque nouveau permis, le nouveau règlement du ministère des Pêches et des Océans (le MPO) est entré en vigueur le 9 décembre 2010, et la plupart des permis délivrés sont entrés en vigueur le 19 décembre 2010.
[4] En vertu de l’article 18.1 de la Loi sur les Cours fédérales, LRC 1985, ch F-7, la Première Nation Kwicksutaineuk Ah-Kwa-Mish (la PNKA, ou la demanderesse) a présenté une demande de contrôle judiciaire à l’encontre de la décision du MPO de délivrer des permis d’élevage de poissons aux deux sociétés défenderesses, Ewos Canada Ltd., exploitée sous le nom de Mainstream Canada (Mainstream Canada) et Marine Harvest Canada Inc. (Marine Harvest).
1. Les faits
[5] La demande concerne l’aquaculture en Colombie-Britannique, plus précisément la salmoniculture. Le mot « aquaculture » s’entend de la forme aquatique de l’agriculture, où les stocks sont élevés, amenés à une taille commercialisable, puis récoltés en vue de leur transformation, de leur vente et de leur consommation. Les poissons sont une classe de vertébrés qui a été domestiquée avec succès grâce à l’aquaculture. Le saumon de l’Atlantique est la principale espèce de l’industrie de l’aquaculture au Canada.
[6] La salmoniculture a un poids important dans l’économie. Ce secteur génère plus de 50 millions $ chaque année en salaires. En 2007, par exemple, cette activité a apporté 370 millions $ à l’économie provinciale (affidavit d’Andrew Thomson, paragraphes 9 à 16; dossier du défendeur, pages 359‑361).
[7] Il semble y avoir quelque 28 fermes de pisciculture dans l’archipel de Broughton, lesquelles élèvent surtout des saumons de l’Atlantique. Cet archipel se trouve sur la côte ouest de la Colombie‑Britannique, entre l’anse Kingcome et l’anse Knight, à l’extrémité sud du détroit de la Reine-Charlotte, sur la côte centre-sud de la Colombie-Britannique, et il a une superficie d’environ 5 000 kilomètres carrés.
[8] La ferme Burdwood se trouve dans le passage Raleigh, au large de l’archipel Burdwood Group. Cette exploitation a une superficie de 34,33 hectares. Son premier permis d’aquaculture lui a été délivré par la province le 17 février 1992. En juillet 2005, Mainstream Canada a acheté la ferme Burdwood ainsi que plusieurs autres exploitations, à Heritage Salmon Limited. La ferme Burdwood continue d’être un site aquacole productif et, selon Mainstream Canada, elle est un élément essentiel des activités de Mainstream Canada sur la côte est de l’île de Vancouver. Le permis délivré par la province pour ce site autorisait la production de saumon de l’Atlantique jusqu’à une production maximale totale par cycle de 3 000 tonnes métriques et jusqu’à une superficie maximale nette réservée aux cages de 12 600 m2 (affidavit d’Andrew Thomson, paragraphes 111 et 112, affidavit Jensen, paragraphes 10, 17 à 22, 24 et 81, dossier d’Ewos Canada Ltd.).
[9] Le site de Blunden Pass se trouve dans le passage Blunden, au large de l’île Baker. L’exploitation a une superficie de 16,1 hectares. Le premier permis d’aquaculture pour ce site a été délivré par la province vers le 24 février 1993. Le permis provincial autorisait la production de saumon de l’Atlantique et de morue charbonnière jusqu’à une production maximale totale par cycle de 1 840 tonnes métriques et jusqu’à une superficie maximale nette réservée aux cages de 7 200 m2. Il semble que ce site est en jachère depuis 2003, mais il s’agit d’un site auxiliaire qui sera utilisé pour permettre la mise en jachère d’autres sites.
[10] La demanderesse est un groupe autochtone et une bande d’Indiens au sens de la Loi sur les Indiens, LRC 1985, ch I-5, dont le territoire traditionnel se trouve à l’intérieur de l’archipel de Broughton, près du détroit Johnstone, entre la Colombie-Britannique continentale et l’île de Vancouver. Elle fait partie du conseil tribal Musgamagw Tsawataineuk (le CTMT), avec les trois Premières Nations suivantes : la Tribu Gwawaenuk, la Première Nation Namgis et les Tsawataineuk.
[11] La PNKA compte dix réserves indiennes au sens de la Loi sur les Indiens, qui sont situées dans l’archipel de Broughton et qui sont liées à leurs sites traditionnels de pêche. Elle affirme que les eaux marines de l’archipel de Broughton sont ses lieux de pêche et que la pêche de poissons et de fruits de mer à des fins alimentaires, sociales et cérémonielles dans cette région fait partie intégrante de sa culture distinctive en tant que groupe autochtone. La pêche est l’occupation principale des membres de la PNKA depuis des temps immémoriaux. Tant avant qu’après le contact avec les Européens, la pêche a été le principal moyen de subsistance de la PNKA et elle a aussi été d’une grande importance culturelle, selon le chef Robert Chamberlin (dossier de la demanderesse, pages 575-576, paragraphes 11 à 14).
[12] La PNKA affirme que l’abondance et la qualité de ses ressources halieutiques sont en déclin, déclin qu’elle attribue notamment à la présence de fermes salmonicoles sur son territoire. C’est là un thème récurrent dans les consultations menées par les autorités provinciales et fédérales avec divers groupes autochtones depuis l’apparition de la pisciculture. Elle soutient qu’au moins certaines des fermes piscicoles, y compris la ferme Burdwood, se trouvent sur les routes migratoires des stocks de jeunes saumons roses et cohos traditionnellement pêchés par la PNKA, des stocks qui sont actuellement en déclin.
[13] Les fermes piscicoles sont des viviers formés de filets flottants qui sont arrimés au plancher océanique, dans les profondeurs marines, par des ancres, et qui occupent la colonne d’eau surplombant leurs ancres, jusqu’à la surface de l’eau. Ces viviers contiennent des centaines de milliers de poissons qui sont élevés dans une écloserie à partir d’œufs de poissons et qui sont ensuite mis dans les filets, où ils demeurent jusqu’à leur pêche.
[14] La preuve scientifique quant aux risques sanitaires et environnementaux entraînés par les fermes piscicoles fait évidemment l’objet d’un intense débat. La demanderesse, comme bien d’autres groupes autochtones et organisations non gouvernementales s’intéressant à l’environnement, soutient qu’un grand nombre de saumons de l’Atlantique capturés dans ces fermes piscicoles s’échappent dans l’archipel de Broughton, et entrent ensuite en compétition avec les saumons sauvages de la région pour la nourriture qui s’y trouve. Elle dit aussi qu’une grande quantité de déchets et de débris flottants engendrés par les antibiotiques et autres médicaments administrés aux poissons d’élevage quitte les viviers et a un effet néfaste sur les saumons sauvages. Certains scientifiques sont également d’avis que l’aquaculture accélère la prolifération des poux du poisson, lesquels menacent les saumons sauvages, et que la présence de fermes piscicoles fait obstacle aux voies migratoires des saumons sauvages.
[15] De 1988 (année de l’apparition de l’aquaculture en Colombie-Britannique) au mois de février 2009, il revenait généralement à la province de surveiller les activités de l’industrie aquacole conformément aux lois et aux règlements provinciaux. Le fédéral exerçait un rôle relativement restreint en matière d’aquaculture. Le MPO, principal organisme fédéral pour l’aquaculture, avait pour tâche d’administrer, de surveiller et de faire appliquer les lois et les règlements fédéraux en matière de conservation et de protection des lieux de pêche, de protection de l’environnement et des habitats du poisson, ainsi que de santé des animaux aquatiques. Le MPO menait des recherches scientifiques portant sur la politique aquacole et exécutait des projets visant à améliorer les conditions commerciales pour cette industrie. Environnement Canada, Transports Canada, Santé Canada et l’Agence canadienne d’inspection des aliments intervenaient également dans divers aspects de la réglementation de l’industrie. Les responsabilités respectives de la province et du fédéral ont été définies dans un Protocole d’accord de 1988 (affidavit d’Andrew Thomson, paragraphes 18 à 24 et dossier du défendeur, pages 361 à 363).
[16] Comme il est mentionné ci‑dessus, en février 2009, la Cour suprême de la Colombie-Britannique a jugé que la réglementation de l’aquaculture relevait de la compétence du fédéral et que, par conséquent, le régime provincial de réglementation était invalide. À la suite de ce jugement, il revenait au fédéral d’établir un nouveau régime de réglementation et de prendre les mesures nécessaires pour établir le mécanisme de délivrance des permis fédéraux d’aquaculture. La province conservait un certain pouvoir de délivrer des permis d’occupation relevant de la compétence provinciale aux fins d’aquaculture, de fixer des règles en matière de sécurité au travail et de prendre certaines mesures touchant les pratiques commerciales.
[17] L’avocat du MPO a prétendu que les conséquences de la décision Morton sur le rôle du MPO dans le secteur de l’aquaculture étaient [traduction] « énormes », et il ne fait aucun doute que l’élaboration d’un nouveau régime réglementaire a exigé un travail considérable. Non seulement a-t-il fallu rédiger de nouveaux règlements sur l’aquaculture et trois séries de nouvelles conditions générales régissant les permis d’aquaculture pour les principales catégories d’aquaculture commerciale (poissons marins, mollusques et crustacés, et poissons d’eau douce), mais il a également fallu négocier un nouveau protocole d’accord avec la province, établir tout un régime réglementaire pour l’application de la nouvelle réglementation et délivrer environ 680 permis d’aquaculture.
[18] Pendant l’élaboration de la nouvelle réglementation, en 2009 et au début 2010, le MPO a mené une vaste consultation pour connaître la position des gouvernements et des parties touchées, y compris les Premières Nations et autres groupes autochtones au sujet du développement futur d’une aquaculture durable. Le MPO a organisé environ 30 ateliers dans tout le pays et consulté plus de 500 représentants, ce qui a conduit, en novembre 2010, au document de synthèse appelé Initiative nationale pour des plans d’action stratégiques 2011-2015, ainsi qu’à cinq plans d’action stratégiques, dont le Plan d’action stratégique, Secteur des poissons marins de la Côte Ouest 2011‑2015.
[19] Ces diverses tâches ont manifestement exercé une pression énorme sur le MPO et, plus généralement, sur le gouvernement fédéral. Toutefois, la question en litige est de savoir si la Couronne a rempli son obligation de consultation et, le cas échéant, son obligation d’accommodement en conséquence des consultations engagées par le MPO avec les Premières Nations touchées. Le compte rendu suivant des consultations qui se sont déroulées à partir du début de 2009 et jusqu’à la délivrance des deux permis contestés se fonde sur les affidavits déposés par le chef Robert Chamberlin, au nom de la demanderesse, et par Andrew Thomson, directeur de la Direction de la gestion de l’aquaculture pour la Région du Pacifique du MPO, au nom du ministre des Pêches et des Océans.
[20] La première étape que devait franchir le MPO dans la mise en œuvre de la décision Morton consistait à rédiger un nouveau règlement en vertu de la Loi sur les pêches, LRC 1985, ch F-14, une loi fédérale. Ce règlement est devenu finalement le Règlement du Pacifique sur l’aquaculture, DORS/2010-270 (le Règlement). Selon le Résumé de l’étude d’impact de la réglementation (le REIR) publié en juillet 2010 (affidavit d’Andrew Thomson, pièce « C »), des réunions ont eu lieu avec toutes les parties intéressées et touchées par l’élaboration du nouveau régime de réglementation, y compris avec les administrations provinciale et municipales de la Colombie-Britannique, les Premières Nations et autres parties prenantes, dont l’industrie, les groupes de défense de l’environnement et le grand public.
[21] Le 10 mars 2009, le chef Chamberlin a écrit à Paul Sprout, directeur général régional du MPO, pour informer le MPO que la PNKA avait des droits de pêche ancestraux et que le fait d’autoriser des exploitations aquacoles dans l’archipel de Broughton porterait atteinte à ces droits. Le chef Chamberlin demandait aussi la tenue de consultations sur cette question. Le 1er avril 2009, M. Sprout a répondu à la lettre du chef Chamberlin, lui expliquant que le MPO examinait les conséquences de la décision Morton, que le MPO reconnaissait que toute nouvelle réglementation nécessiterait des consultations, et, enfin, que le MPO entendait mener de réelles consultations avec les Premières Nations, l’industrie et les parties prenantes au cours de la transition. La lettre mentionnait expressément que le MPO entendait donner à la PNKA la possibilité de discuter de la gestion et de la réglementation de l’aquaculture avec les représentants du MPO.
[22] Afin de faciliter la tenue de consultations avec un grand nombre de Premières Nations, le MPO a confié à l’Aboriginal Aquaculture Association (Association autochtone de l’aquaculture) et au First Nations Fisheries Council (Conseil des pêches des Premières Nations) la tâche d’organiser des rencontres avec les Premières Nations en Colombie-Britannique. Ces rencontres devaient servir à transmettre de l’information et à obtenir les vues des Premières Nations sur les éléments qui devraient figurer dans un nouveau régime de réglementation de l’aquaculture. L’Aboriginal Aquaculture Association a été établie en 2003 pour favoriser, appuyer et faciliter une participation concrète des Premières Nations dans la mise en valeur d’une aquaculture durable. Le First Nations Fisheries Council fut mandaté par le First Nations Leadership Council de la Colombie-Britannique pour examiner les questions, priorités et préoccupations communes en matière de pêches.
[23] En avril 2009, le MPO a conclu avec l’Aboriginal Aquaculture Association un accord de collaboration pour une gestion conjointe du Programme autochtone de gestion des ressources aquatiques et océaniques, afin de favoriser la tenue de consultations avec les Premières Nations concernant l’aquaculture. Le MPO a également conclu un accord semblable avec le First Nations Fisheries Council pour faciliter la participation de groupes autochtones au dialogue entourant l’utilisation et la gestion des ressources aquatiques et des espaces océaniques, par un renforcement des capacités et un encouragement au dialogue et à la collaboration intercommunautaires. Au total, le MPO a versé 2 143 830 $ en financement des capacités pour des programmes autochtones sur la pêche, notamment des ateliers, des réunions et des consultations sur le Règlement.
[24] Le 14 mai 2009, des représentants du MPO ont rencontré le Fisheries Council afin d’examiner l’approche proposée pour les consultations initiales sur le Règlement et de définir un échéancier serré. Le Fisheries Council s’est déclaré disposé à contribuer au processus global, à examiner les documents de consultation et à donner des conseils.
[25] Les 16 et 17 juin 2009, le MPO a organisé, à Vancouver et à Campbell River, des réunions visant à obtenir les vues des Premières Nations sur la décision Morton. Le ministère souhaitait obtenir des conseils sur l’élaboration de protocoles et plans spécifiques de consultation pour l’examen de propositions de gestion de la réglementation, et se pencher sur les moyens de structurer le régime de gestion de l’aquaculture. Plus de 32 Premières Nations, conseils tribaux et organisations de Premières Nations étaient présents à ces réunions, dont le chef Chamberlin et Sandy Johnson, de la PNKA, ainsi que Brian Wadhams, du CTMT.
[26] Les 10 et 11 décembre 2009, le MPO s’est réuni à Campbell River, en Colombie-Britannique, avec les Premières Nations de la Colombie-Britannique et les groupes concernés pour obtenir leurs réactions et leurs recommandations concernant l’élaboration d’un nouveau régime de réglementation de l’aquaculture des poissons. Le chef Chamberlin était présent à ces deux réunions. Au cours des réunions, le MPO a expliqué le processus d’élaboration de la réglementation, les principes à la base du Règlement, le champ d’application du Règlement, le mode de délivrance des permis et les conditions des permis, les mesures de lutte contre la pollution, les obligations de notification et d’information, les mesures d’exécution, les inspections, les vérifications et les redevances ainsi que les politiques opérationnelles et les lignes directrices.
[27] Le MPO a aussi financé un atelier organisé le 14 décembre 2009 à Nanaimo par l’Aboriginal Aquaculture Association pour discuter notamment de l’élaboration du Règlement et recueillir des points de vue sur la mise en valeur d’une aquaculture durable. Un deuxième atelier a eu lieu au même endroit le 30 mars 2010 pour un examen de ces questions. Il y avait à ces ateliers 25 Premières Nations et quatre organisations de Premières Nations, et le chef Chamberlin était présent aux deux ateliers.
[28] En février et mars 2010, le MPO a soutenu financièrement le First Nations Fisheries Council pour qu’il organise avec les Premières Nations, dans toute la Colombie-Britannique, une série de rencontres communautaires et d’échanges de points de vue. Les rencontres avaient pour objet de partager l’information et de connaître le sentiment des Premières Nations sur l’élaboration d’un nouveau régime de réglementation pour l’aquaculture, compte tenu d’un document de travail rendu public par le MPO en novembre 2009, intitulé Réglementation fédérale en aquaculture pour la C.‑B. et Initiative pour des plans d’action stratégiques – Document de support aux discussions. Le chef Chamberlin était présent à six de ces réunions.
[29] Le First Nations Fisheries Council a rédigé un rapport sommaire de la réunion du 2 mars 2010 à Alert Bay. Après avoir précisé que le Conseil n’est pas un organe consultatif et n’agit pas à ce titre pour le MPO, et donc que [traduction] « les réunions avec le MPO n’avaient nullement valeur de consultation sur le plan juridique », le rapport renferme notamment ce qui suit :
[traduction]
Les participants ont déclaré à l’unanimité que les fermes piscicoles, dans leur forme actuelle, ne sont pas acceptables à l’intérieur des territoires traditionnels des Premières Nations présentes, quel que soit leur mode de gestion. Des fermes piscicoles en circuit fermé sont les seules formes acceptables d’aquaculture des poissons dans les territoires des Premières Nations de l’archipel de Broughton. Par ailleurs, il est troublant de constater que des entreprises étrangères sont autorisées à exercer leurs activités dans les eaux territoriales des Premières Nations sans le consentement de celles-ci. Ce sont là des questions fondamentales qui doivent être abordées avant que les Premières Nations puissent véritablement participer à l’établissement d’une réglementation de l’aquaculture. Or l’exposé du MPO se limitait au contenu de la réglementation. Un débat ultérieur aura lieu avec les Premières Nations concernant l’Initiative nationale pour des plans d’action stratégiques en aquaculture (INPASA), mais le peu d’empressement du MPO à discuter de questions particulières ou de la manière dont ces questions seront gérées à l’avenir a pour effet d’établir une séparation artificielle. Les Premières Nations veulent participer à l’établissement d’une nouvelle réglementation de l’aquaculture, mais elles ne sont pas tout à fait sûres que leurs préoccupations seront prises en compte.
Dossier des défendeurs, le procureur général du Canada et le ministre des Pêches et des Océans, volume 3, affidavit d’Andrew Thomson, pièce V, page 623.
[30] Puis le rapport fait état du bref échéancier fixé par le MPO :
[traduction]
Les Premières Nations ne sont pas toutes pleinement informées du sujet ou des questions. Elles ont besoin de temps pour conférer, pour apprendre, pour créer des capacités, etc. L’échéancier proposé par le MPO semble précipité et ne permettra pas aux Premières Nations de participer véritablement. Comme les Premières Nations ont un intérêt considérable dans l’issue du processus, le MPO devrait être tenu de prendre dûment en compte les préoccupations des Premières Nations. À cet égard, il faut que les Premières Nations se concertent pour définir ce que sont leurs attentes.
Ibid.
[31] Le 26 mai 2010, le First Nations Fisheries Council et le MPO ont constitué un groupe de travail conjoint pour étudier les domaines d’intérêt commun concernant l’aquaculture. Andrew Thomson, du MPO, et le chef Chamberlin étaient les coprésidents du Groupe de travail sur l’aquaculture. Le Groupe de travail s’est réuni à cinq reprises entre juin et décembre 2010, pour examiner les projets du MPO portant sur l’élaboration et la mise en œuvre du nouveau régime de réglementation et de délivrance de permis pour l’aquaculture en Colombie-Britannique
[32] Outre les consultations susmentionnées, le MPO a envoyé le 13 juillet 2010 une lettre à quelque 70 Premières Nations côtières pour les informer que le nouveau projet de règlement sur l’aquaculture avait été publié dans la partie I de la Gazette du Canada, et pour les inviter à s’exprimer sur ce projet au cours de la période de 60 jours réservée à l’examen public. Cette lettre décrivait de manière générale l’approche qu’entendait suivre le MPO pour réglementer l’aquaculture. Elle précisait aussi que, pour les nouveaux permis fédéraux qui allaient être délivrés en décembre 2010, le MPO n’entendait pas apporter de changements aux modalités des autorisations antérieures, c’est-à-dire augmentations de la production, taille des installations existantes ou espèces autorisées. La lettre précisait plutôt que de tels changements seraient examinés au cas par cas au cours des années à venir.
[33] Le MPO a reçu, pour ses lettres du 13 juillet 2010, des réponses directes venant de 12 groupes autochtones qui représentaient 28 Premières Nations. Il a aussi reçu plus de 900 courriels, lettres et télécopies durant la période de 60 jours réservée aux commentaires du public. D’août à novembre 2010, les communications ainsi reçues ont été examinées et les amendements requis ont été apportés. Dans son affidavit, Andrew Thomson affirme que les observations et recommandations reçues ont permis d’affiner plusieurs dispositions du Règlement. Cependant, le chef Chamberlin écrit dans son affidavit qu’aucune des observations faites par la PNKA n’a été intégrée au texte final du Règlement, publié le 8 décembre 2010 dans la partie II de la Gazette du Canada.
[34] Le principal outil de gestion prévu par le nouveau règlement est la délivrance de permis dictant les conditions auxquelles un exploitant doit se conformer. Les conditions du permis énoncent des exigences spécifiques de gestion, par exemple des plans de gestion de la santé du poisson, des exigences de prévention des évasions de poissons, des mesures propres à minimiser les répercussions sur le poisson et sur l’habitat du poisson, et des mesures de surveillance de l’environnement, de tenue de dossiers, et de notifications et rapports.
[35] L’annonce du MPO selon laquelle tous les permis provinciaux d’aquaculture arrivant à expiration seraient remplacés par des permis fédéraux s’est heurtée à l’opposition unanime des trois principales organisations de Premières Nations en Colombie-Britannique. Le 10 août 2010, le First Nations Summit (Sommet des Premières Nations), la Union of BC Indian Chiefs (l’Union des chefs amérindiens de la Colombie-Britannique) et la BC Assembly of First Nations (l’Assemblée des Premières Nations de la Colombie-Britannique) ont envoyé au ministre du MPO une lettre commune, dans laquelle ils se disaient préoccupées par le projet du ministère de reconduire les permis d’aquaculture existants. La lettre renfermait aussi leur point de vue selon lequel une telle reconduction, sans consultation et sans que soient pris en compte les empiétements causés par ces permis, [traduction] « serait inconstitutionnelle » (dossier de la demanderesse, volume II, affidavit de Robert Chamberlin, page 632).
[36] Le 24 août 2010, la PNKA a répondu à la lettre du MPO datée du 13 juillet 2010. Elle demandait la convocation d’une réunion où serait examinée sa réponse préliminaire au projet de Règlement et au REIR annexé au Règlement. La réunion a eu lieu à Nanaimo le 2 septembre 2010. Pendant la réunion, M. Thomson a informé le chef Chamberlin que le MPO envisageait d’établir diverses catégories de permis et de conditions pour l’aquaculture et qu’il ferait connaître les projets de permis aux Premières Nations à mesure qu’ils seraient disponibles. Le chef Chamberlin s’est déclaré disposé à examiner les permis et à participer à l’élaboration de leurs conditions, mais il n’a formulé aucune objection concernant les deux installations qui sont l’objet de cette demande de contrôle judiciaire.
[37] Durant cette même réunion, le chef Chamberlin s’est montré intéressé par une planification par zone pour la région de Broughton, et M. Thomson a promis de continuer à discuter de ces aspects avec la PNKA et le CTMT. Le MPO a également indiqué où il en était dans son projet d’élaboration de Plans de gestion intégrée de l’aquaculture (PGIA) en Colombie-Britannique. Cette mise à jour expliquait que les PGIA seraient le mécanisme d’établissement, de concertation et, en général, de communication pour l’élaboration des politiques et pour les conditions de délivrance des futurs permis, et qu’ils seraient fondés sur une approche géographique et écosystémique de la gestion de l’aquaculture. Le MPO n’avait pas précisé la manière dont il définirait les zones de gestion, même s’il prévoyait que chaque zone engloberait probablement les territoires traditionnels revendiqués par une foule de Premières Nations. Il faudrait donc engager des consultations globales dans une grande diversité de tribunes, et des consultations bilatérales au gré des demandes et des besoins. Au cours de la réunion et dans une lettre de suivi, la PNKA a explicitement informé le MPO que la délivrance de permis d’aquaculture risquait de porter atteinte à ses droits ancestraux et que des consultations directes allaient être nécessaires concernant les remplacements projetés de permis dans les lieux de pêche de la PNKA.
[38] Le 24 septembre 2010, le MPO a répondu à cette lettre en demandant une autre réunion avec la PNKA afin de poursuivre la discussion sur les intérêts et préoccupations de la PNKA portant sur le régime de réglementation de l’aquaculture proposé par le MPO. Plus précisément, le MPO voulait discuter de l’approche qu’il proposait pour les permis d’installations d’aquaculture et l’utilisation de PGIA. La lettre ne disait rien de la demande de la PNKA visant la tenue de consultations sur certains permis dans son territoire. La lettre réitérait que les nouveaux permis fédéraux ne comporteraient pas d’augmentations de la production ni de changements à la taille des installations existantes ou aux espèces autorisées, et elle précisait que le MPO s’employait à élaborer des conditions de permis qui établiraient des obligations précises de gestion. Finalement, elle mentionnait que des modèles de permis assortis des conditions applicables seraient mis au point d’ici à la mi-octobre et que le MPO souhaiterait la convocation d’une réunion de suivi pour connaître l’opinion de la PNKA sur ces conditions.
[39] Le 4 octobre 2010, le MPO a écrit aux Premières Nations de la Colombie-Britannique pour les renseigner davantage sur son intention d’établir un nouveau régime de permis fédéraux. La lettre expliquait que le MPO était en train d’établir le nouveau Règlement et veillerait à ce que les exploitations aquacoles existantes soient en mesure d’obtenir un permis fédéral pour exercer légalement leurs activités sous le régime de la Loi sur les pêches. Elle expliquait aussi que l’intention du MPO, quant au nouveau régime de permis, était de développer quatre catégories de permis : pour les poissons marins, pour les poissons d’eau douce, pour les mollusques et crustacés, et pour les installations de mise en valeur. On pourrait alors fixer des obligations spécifiques de gestion comme conditions du permis. La lettre rappelait encore une fois que les nouveaux permis fédéraux ne comporteraient pas d’augmentations de la production ni de changements à la taille des installations existantes ou aux espèces autorisées.
[40] Le 21 octobre 2010, les représentants du MPO ont à nouveau rencontré la PNKA, et cette dernière a présenté un ordre du jour faisant ressortir l’objet de cette réunion. Il y a eu une discussion générale portant sur les PGIA, et le MPO a fait le point sur le Règlement projeté et sur ses intentions concernant la délivrance de permis aux installations existantes, y compris à celles de l’archipel de Broughton. À l’exception d’une demande de la PNKA qui souhaitait obtenir des cartes pour les permis délivrés dans ses territoires traditionnels, il n’y a pas eu d’autre débat sur les permis à la suite de la mise à jour. La PNKA n’a pas fait état de préoccupations à propos de fermes piscicoles précises, par exemple la ferme Burdwood ou celle de Blunden Pass.
[41] Les cartes demandées ont été remises à la PNKA le 2 novembre 2010. Prié de s’exprimer sur les cartes, l’avocat de la PNKA a répondu ce qui suit dans un courriel daté du 9 novembre 2010 : [TRADUCTION] « Les cartes sont satisfaisante, mais il reste la question des effets de champ lointain et de la mesure dans laquelle cela exige une consultation pour les fermes situées à proximité, mais à l’extérieur des frontières de la PNKA. Mais je vous donnerai une réponse plus formelle sur le sujet prochainement. » (Dossier des défendeurs, le procureur général du Canada et le ministre des Pêches et des Océans, volume 4, affidavit d’Andrew Thomson, page 1000). Le MPO n’a pas reçu d’autres observations ou demandes de la PNKA avant le 19 novembre 2010. Par ailleurs, le CTMT a annulé une réunion avec le MPO qui devait avoir lieu le 26 octobre 2010. La réunion a été provisoirement reportée à la deuxième moitié du mois de novembre 2010. Le MPO a demandé trois fois un ordre du jour pour la réunion, mais le CTMT n’en a jamais fourni.
[42] Le 27 octobre 2010, le MPO a envoyé une lettre à toutes les Premières Nations de la Colombie-Britannique, y compris à la PNKA, lettre à laquelle étaient jointes trois ébauches de permis modèle pour les trois principales catégories d’aquaculture commerciale (poissons marins, mollusques et crustacés et poissons d’eau douce). La lettre expliquait que les modèles présentaient le contenu commun des permis que le MPO entendait délivrer et qu’ils englobaient l’éventail complet des conditions que le MPO prévoyait d’inclure dans les permis réels. L’intention du MPO était que les permis comprendraient des renseignements spécifiques propres à chaque exploitation, mais qu’ils suivraient étroitement le modèle. La lettre demandait aussi aux destinataires de fournir leurs observations ou questions sur les modèles de permis avant le 12 novembre 2010. La date limite fut par la suite reportée au 19 novembre 2010, à la demande de l’avocat de la demanderesse.
[43] Le 19 novembre 2010, l’avocat du CTMT et de la PNKA a transmis au MPO ses observations concernant les ébauches de permis. La lettre reconnaissait d’entrée que [TRADUCTION] « les conditions de permis qui sont énoncées dans le modèle sont presque identiques aux conditions de permis figurant dans la réglementation provinciale existante ». Il exposait ensuite, dans les termes suivants, les préoccupations traditionnelles de ses clients à propos des fermes salmonicoles et de l’aquaculture en général :
[TRADUCTION]
Notre territoire traditionnel, dans l’archipel de Broughton, connaît depuis près de 20 ans la plus forte concentration de fermes salmonicoles de la province. Durant toute cette période, nous avons eu des consultations avec la province à propos des permis de fermes salmonicoles et de leurs effets sur notre droit ancestral de pêche sur les stocks sauvages. Durant cette période, nous avons constaté dans notre territoire d’importantes infestations de poux du poisson, plusieurs d’épidémies, des fuites nombreuses de saumons atlantiques non indigènes dans nos zones fréquentées par le saumon sauvage, une pollution visible de nos plages coquillières, enfin un déclin général de nos stocks locaux de saumons sauvages, de harengs, d’eulachons et de poissons de fond. Nous sommes très préoccupés par l’emploi intensif et l’accumulation de pesticides, d’antibiotiques et d’agents antisalissures dans notre écosystème marin – le système qui est depuis des temps immémoriaux la principale source de notre alimentation. L’emploi de lumières de nuit et les prises accessoires dans les enclos en filet sont également des sujets de grande inquiétude pour nous, car ils sont des causes d’appauvrissement de nos stocks sauvages. À ce jour, ces difficultés et préoccupations n’ont nullement été résolues, et nous ne voyons aucun progrès dans l’adoption par le MPO de l’ancien régime provincial.
(Dossier de la demanderesse, volume II, affidavit de Robert Chamberlin, page 649)
[44] Au lieu de consacrer du temps et des ressources à l’examen technique détaillé d’un modèle de conditions génériques des permis, modèle qui soulevait des questions auxquelles il était selon lui mal placé pour répondre, l’avocat écrivait pour la première fois que ses clients souhaitaient se concentrer sur des consultations portant sur les préoccupations suscitées par les conséquences et les risques des permis d’aquaculture des poissons dans le territoire traditionnel de la PNKA. Selon lui, les conditions du modèle de permis ne répondaient pas aux préoccupations de la PNKA et du CTMT.
[45] Dans cette même lettre, le CTMT et la PNKA énonçaient aussi pour la première fois une position selon laquelle, avant de songer à délivrer des permis fédéraux, il fallait examiner les questions systémiques se rapportant à toutes les fermes salmonicoles de l’archipel de Broughton :
[traduction]
Dans une lettre adressée à vous et portant la date du 8 septembre 2010, l’une de nos nations membres soulignait son vif intérêt pour un plan de gestion par zone dans l’archipel de Broughton. C’est là une approche qui nous permettra d’échanger des renseignements essentiels et fondamentaux, par exemple : combien de fermes y a-t-il dans notre territoire collectif? quels sont leurs volumes et leurs cycles de production? y aura-t-il une stratégie de mise en jachère pour tenir compte de l’exode de nos stocks locaux de poissons sauvages? existe-t-il des processus permettant d’évaluer les effets cumulatifs d’un grand nombre de fermes dans l’écosystème de l’archipel de Broughton? À notre avis, ce sont là des notions fondamentales qui doivent être considérées avant que le MPO ne délivre des permis d’aquaculture dans notre territoire, et avant que l’on discute en détail des conditions de permis.
(Dossier de la demanderesse, volume II, affidavit de Robert Chamberlin, page 649)
[46] À première vue, cette nouvelle position adoptée par le CTMT et la PNKA aurait requis la tenue de consultations multilatérales avec toutes les Premières Nations touchées de l’écosystème de l’archipel de Broughton, consultations qui auraient porté sur un plan de gestion par zone pour l’archipel de Broughton. La mise au point de ce plan (y compris de toute stratégie requise de mise en jachère pour l’ensemble de la région) avant la délivrance de permis prenant effet le 19 décembre 2010 aurait aussi été nécessaire.
[47] En réponse à une demande faite par le CTMT et la PNKA dans leur lettre du 19 novembre 2010, une réunion a eu lieu le 10 décembre 2010. Les propos échangés durant cette réunion ne sont pas tout à fait clairs, car ils n’ont pas été consignés explicitement. Il semble que le CTMT et la PNKA y modifiaient quelque peu leur position. Ils ne demandaient pas au MPO d’engager des consultations et d’établir un plan de gestion par zone et une stratégie de mise en jachère pour la région de l’archipel de Broughton au cours des huit jours précédant l’expiration des permis provinciaux. Le CTMT et la PNKA reconnaissaient plutôt qu’il était raisonnable, eu égard aux circonstances, que les consultations relatives aux fermes salmonicoles de la région de l’archipel de Broughton et à leurs répercussions sur les droits ancestraux revendiqués par le CTMT et la PNKA allaient devoir se poursuivre au cours d’une période transitoire après la délivrance des permis fédéraux. Durant la période transitoire d’un an, les consultations relatives à une approche de gestion par zone, ainsi qu’à des questions non régionales, propres à telle ou telle exploitation aquacole, se poursuivraient.
[48] Le chef Chamberlin reconnaissait aussi qu’un vide réglementaire pour les fermes pourvues en poissons n’était pas souhaitable et il a pris acte de l’expiration imminente des permis provinciaux. Le CTMT et la PNKA voulaient qu’aucun permis ne soit délivré pour les catégories de fermes salmonicoles suivantes :
a) les fermes qui n’étaient pas actuellement pourvues en poissons, car il n’était pas immédiatement nécessaire pour le MPO d’autoriser l’activité de fermes piscicoles inactives (l’une d’elles est celle de Blunden Pass);
b) les deux fermes – Upper Retreat et Blunden Pass – qui sont dans des zones peu profondes et ont des fonds meubles ayant par le passé causé une accumulation de substances délétères néfastes à l’habitat du poisson, et qui se trouvent à proximité de gisements de palourdes et de crabes ayant connu une forte augmentation de la pollution sédimentaire;
c) les six fermes clés du territoire du CTMT – Burdwood, Sargent’s Pass, Humphrey Rock, Glacier Falls, Cliff Bay et Sir Edmund – qui se trouvent sur la principale route migratoire des stocks de saumoneaux, actuellement très menacés (subsidiairement, la PNKA a demandé que ces fermes soi