Canada (Pêches et Océans) c. Fondation David Suzuki

Canada (Pêches et Océans) c. Fondation David Suzuki
Base de données – Cour (s)
Décisions de la Cour d'appel fédérale
Date
2012-02-09
Référence neutre
2012 CAF 40
Numéro de dossier
A-2-11
Notes
Décision rapportée
Contenu de la décision
Cour d’appel fédérale
Federal Court of Appeal
Date : 20120209
Dossier : A-2-11
Référence : 2012 CAF 40
CORAM : LE JUGE NADON
LA JUGE SHARLOW
LE JUGE MAINVILLE
ENTRE :
LE MINISTRE DES PÊCHES ET DES OCÉANS
appelant
et
LA FONDATION DAVID SUZUKI, LA DOGWOOD INITIATIVE,
ENVIRONMENTAL DEFENCE CANADA, LA GEORGIA STRAIT ALLIANCE, GREENPEACE CANADA, LE FONDS INTERNATIONAL POUR LA PROTECTION DES ANIMAUX, LA RAINCOAST CONSERVATION SOCIETY, LE SIERRA CLUB
DU CANADA et LE WESTERN CANADA WILDERNESS COMMITTEE
intimés
Audience tenue à Vancouver (Colombie‑Britannique), le 30 novembre 2011.
Jugement rendu à Ottawa (Ontario), le 9 février 2012.
MOTIFS DU JUGEMENT : LE JUGE MAINVILLE
Y ONT SOUSCRIT : LE JUGE NADON
LA JUGE SHARLOW
Cour d’appel fédérale
Federal Court of Appeal
Date : 20120209
Dossier : A-2-11
Référence : 2012 CAF 40
CORAM : LE JUGE NADON
LA JUGE SHARLOW
LE JUGE MAINVILLE
ENTRE :
LE MINISTRE DES PÊCHES ET DES OCÉANS
appelant
et
LA FONDATION DAVID SUZUKI, LA DOGWOOD INITIATIVE,
ENVIRONMENTAL DEFENCE CANADA, LA GEORGIA STRAIT ALLIANCE, GREENPEACE CANADA, LE FONDS INTERNATIONAL POUR LA PROTECTION DES ANIMAUX, LA RAINCOAST CONSERVATION SOCIETY, LE SIERRA CLUB
DU CANADA et LE WESTERN CANADA WILDERNESS COMMITTEE
intimés
MOTIFS DU JUGEMENT
LE JUGE MAINVILLE
[1] La Cour est saisie d’un appel interjeté par le ministre des Pêches et des Océans (le ministre) contre le jugement de la Cour fédérale portant la référence 2010 CF 1233 (les motifs), par lequel le juge Russell (le juge de la Cour fédérale) a déclaré que le pouvoir discrétionnaire ministériel « ne protège pas légalement » l’habitat essentiel sous le régime de l’article 58 de la Loi sur les espèces en péril, L.C. 2002, ch. 29 (la LEP), et qu’il était illégal de la part du ministre de citer des dispositions de nature discrétionnaire de la Loi sur les pêches, L.R.C. 1985, ch. F‑14, dans une déclaration de protection concernant l’habitat essentiel des populations d’épaulards du nord et du sud du Pacifique Nord‑Est.
[2] Le paragraphe 58(5) de la LEP dispose que le ministre est tenu de prendre, en application des paragraphes 5(1) et (4), un arrêté protégeant l’habitat essentiel d’une espèce aquatique sauvage inscrite comme espèce en voie de disparition ou menacée si cet habitat n’est « pas protégé [...] légalement par des dispositions de la présente loi ou de toute autre loi fédérale, ou une mesure prise sous leur régime ». Le ministre avait conclu que la Loi sur les pêches protégeait légalement certains aspects de l’habitat essentiel de l’épaulard et qu’il pouvait donc y avoir recours au lieu de prendre un arrêté de protection en application de la LEP.
[3] Le juge de la Cour fédérale a statué que le ministre ne peut se dispenser de prendre un arrêté de protection de l’habitat essentiel dans le cadre de la LEP que si la protection légale qu’assure une autre loi fédérale à cet habitat est la même que celle que lui offrirait un tel arrêté. Il a aussi statué que les pouvoirs discrétionnaires étendus et peu limités que la Loi sur les pêches confère au ministre risquent d’édulcorer les mesures que celle‑ci met à sa disposition. Par conséquent, a‑t‑il conclu, il n’est pas permis de recourir à la Loi sur les pêches comme solution de rechange à la prise d’un arrêté de protection de l’habitat essentiel sous le régime de la LEP.
Sommaire des conclusions de la Cour
[4] Le ministre fait valoir deux moyens d’appel principaux devant notre Cour.
[5] Le premier de ces moyens concerne la norme de contrôle judiciaire. Le ministre soutient que, le législateur lui ayant confié la responsabilité d’assurer l’application des systèmes de réglementation de la LEP et de la Loi sur les pêches, son interprétation de leurs dispositions commande la retenue judiciaire. Il fonde cette thèse sur un arrêt assez récent de la Cour suprême du Canada : Dunsmuir c. Nouveau‑Brunswick, 2008 CSC 9, [2008] 1 R.C.S. 190 (Dunsmuir). Cet arrêt insistait sur la retenue judiciaire dont doit faire l’objet la décision d’un tribunal administratif qui interprète une disposition de sa propre loi habilitante (ou « loi constitutive ») ou d’une autre loi étroitement liée à son mandat.
[6] À mon sens, le ministre n’a pas droit à la retenue judiciaire pour ce qui concerne l’interprétation des dispositions applicables de la LEP ou de la Loi sur les pêches. Le ministre présente une vue erronée des positions les plus récentes de la Cour suprême; en effet, il omet de tenir compte du contexte dans lequel elles ont été élaborées et des raisons qui peuvent justifier l’exercice de la retenue judiciaire à l’égard d’un tribunal administratif qui interprète sa loi habilitante. La norme du caractère raisonnable ne s’applique pas au contrôle judiciaire de l’interprétation d’une loi par un ministre chargé de son application, sauf disposition contraire du législateur. Je conclus donc – comme l’a fait le juge de la Cour fédérale dans la présente affaire – que quand la demande de contrôle judiciaire d’une décision concernant l’application de la LEP met en litige l’interprétation qu’a donnée le ministre d’une disposition de cette loi – ou de la Loi sur les pêches en tant qu’elle s’y rapporte –, ladite interprétation doit être contrôlée suivant la norme de la décision correcte. Les tribunaux judiciaires ne sont pas tenus à la déférence envers le ministre à cet égard.
[7] Le second moyen d’appel concerne l’interprétation de la LEP. Le ministre ne conteste pas le caractère obligatoire de la protection de l’habitat essentiel sous le régime de cette loi. Il soutient cependant qu’il entrait dans les intentions du législateur d’imprimer une certaine souplesse aux modalités de cette protection obligatoire. Le ministre affirme que, en cherchant à conserver le pouvoir discrétionnaire que lui confère la Loi sur les pêches, il n’essaie pas de réduire cette protection obligatoire ni d’offrir une protection inférieure à celle qu’assurerait un arrêté de protection pris sous le régime de la LEP. Certaines mesures que prévoit la Loi sur les pêches, fait‑il valoir, protègent bel et bien l’habitat contre la destruction, de sorte que, malgré leur caractère discrétionnaire, il devrait lui être permis d’y avoir recours comme solutions de rechange à un arrêté de protection de la nature susdite.
[8] Je ne puis souscrire à l’interprétation que le ministre propose de la LEP sur ce point. L’intention du législateur, en adoptant l’article 58 de la LEP, était de prévoir une protection légale, obligatoire et non discrétionnaire pour l’habitat essentiel désigné des espèces aquatiques inscrites comme espèces en voie de disparition ou menacées. Il est possible d’assurer une telle protection par une disposition d’une loi fédérale ou une mesure prise sous son régime qui protège légalement cet habitat contre la destruction et qui ne risque pas d’être édulcorée par l’exercice du pouvoir discrétionnaire ministériel. En l’absence d’une telle disposition ou mesure légalement contraignante, le ministre doit prendre, aux fins de la protection dudit habitat, un arrêté de protection sous le régime des paragraphes 58(1) et (4).
[9] Quand il affirme que, en cherchant à conserver le pouvoir discrétionnaire que lui confère la Loi sur les pêches, il n’essaie pas de réduire la protection prévue par la LEP ni d’offrir une protection inférieure à celle qu’assurerait un arrêté de protection pris sous le régime de cette dernière loi, le ministre omet d’expliquer comment ce pouvoir discrétionnaire serait légalement limité. Le législateur a adopté l’article 58 de la LEP précisément afin d’éviter la destruction par quelque cause que ce soit de l’habitat essentiel désigné des espèces aquatiques inscrites comme espèces en voie de disparition ou menacées. Si l’on acceptait la thèse du ministre, le régime de protection obligatoire et non discrétionnaire inscrit par le législateur dans la LEP se transformerait en un système de protection largement tributaire du pouvoir discrétionnaire ministériel. Or telle n’était pas l’intention du législateur lorsqu’il a adopté la LEP.
[10] Cependant – et contrairement aux conclusions formulées par le juge de la Cour fédérale dans la présente affaire –, il peut se trouver des cas où le ministre aurait la faculté de citer l’article 36 de la Loi sur les pêches (auquel j’assimile ses dispositions réglementaires d’application) dans une déclaration de protection établie sous le régime de l’alinéa 58(5)b) de la LEP. L’article 36 de la Loi sur les pêches interdit d’immerger ou de rejeter des substances nocives dans des eaux où vivent des poissons, sauf autorisation en vertu de règlements pris par le gouverneur en conseil. Il peut ainsi se faire que l’action conjuguée de l’article 36 de la Loi sur les pêches et de ses dispositions réglementaires d’application assure à une espèce déterminée en voie de disparition ou menacée la protection légale prescrite par l’article 58 de la LEP. En pareil cas, il peut être permis au ministre de citer ces dispositions dans une déclaration de protection de la nature prévue à l’alinéa 58(5)b) de la LEP.
[11] Toutefois, le dossier de la présente affaire ne contient aucun élément de preuve concernant l’effet, le cas échéant, de l’article 36 et de sa réglementation d’application sur l’habitat essentiel des populations d’épaulards en question. Par conséquent, la présente espèce n’offrait au juge de la Cour fédérale aucune base pour établir si le ministre aurait pu être fondé à citer l’article 36 dans le cadre des dispositions de l’article 58 de la LEP.
Récapitulation des dispositions pertinentes pour le présent appel de la Loi sur les espèces en péril
[12] La LEP, qui a reçu la sanction royale en 2002, est la première loi fédérale à visée globale ayant pour fins : a) de prévenir la disparition – de la planète ou du Canada seulement – des espèces sauvages, et b) de permettre le rétablissement de celles qui, par suite de l’activité humaine, sont devenues des espèces disparues du pays, en voie de disparition ou menacées. Le Canada a adopté cette loi en partie afin de remplir les obligations découlant pour lui de la Convention des Nations Unies sur la diversité biologique. Certaines des dispositions pertinentes de la LEP sont reproduites en annexe aux présents motifs.
[13] La LEP classe les espèces en péril en quatre catégories, selon qu’elles sont disparues du pays, en voie de disparition, menacées ou préoccupantes. Cependant, le présent appel ne concerne que les dispositions applicables aux espèces aquatiques inscrites comme espèces en voie de disparition ou menacées.
[14] Une espèce en voie de disparition est une espèce sauvage qui, de façon imminente, risque de disparaître du pays ou de la planète, tandis qu’une espèce menacée est une espèce sauvage susceptible de devenir une espèce en voie de disparition si rien n’est fait pour contrer les facteurs menaçant de la faire disparaître. Une espèce aquatique est une espèce sauvage de poissons – sont assimilés aux poissons les mollusques, les crustacés et les autres animaux marins – ou de plantes marines. Il n’est pas contesté que l’épaulard forme une espèce aquatique pour l’application de la LEP; voir le paragraphe 2(1) de la LEP concernant les définitions des expressions « espèce aquatique », « espèce en voie de disparition » et « espèce menacée », ainsi que l’article 2 de la Loi sur les pêches en ce qui a trait à la définition du terme « poissons ».
[15] S’il est vrai que le ministre de l’Environnement est chargé de l’application de la LEP, le ministre appelant est le ministre compétent, sous le régime de cette loi, pour ce qui concerne les espèces aquatiques, c’est-à-dire qu’il lui incombe d’assurer la protection, notamment par l’élaboration de programmes de rétablissement et de plans d’action, de l’habitat essentiel des espèces aquatiques en voie de disparition ou menacées : voir les définitions de « ministre compétent » et de « ministre » au paragraphe 2(1) de la LEP, ainsi que ses paragraphes 8(1), 37(1) et 58(5), et son article 47.
[16] La LEP prévoit un processus d’inscription pour les espèces en péril. On trouve une liste de départ de celles-ci (qui distingue les espèces disparues du pays, en voie de disparition, menacées et préoccupantes) à l’annexe 1 de la LEP. Le gouverneur en conseil peut modifier cette liste par adjonction, radiation ou reclassification, en tenant compte des recommandations d’un comité d’experts désigné « Comité sur la situation des espèces en péril au Canada » (le COSEPAC) et après consultation des intéressés : voir l’article 27 de la LEP.
[17] L’inscription d’une espèce sauvage aquatique comme espèce en voie de disparition ou menacée la fait bénéficier d’importantes mesures de protection légale. Le paragraphe 32(1) de la LEP interdit de tuer un individu d’une espèce sauvage aquatique inscrite comme espèce en voie de disparition ou menacée, de lui nuire, de le harceler, de le capturer ou de le prendre. De même, les paragraphes 32(2) et (3) interdisent de posséder, de collectionner, d’acheter, de vendre ou d’échanger un individu – y compris une partie de celui-ci ou un produit qui en provient – d’une telle espèce. En outre, le paragraphe 33 interdit d’endommager ou de détruire la résidence ou le gîte (terrier, nid, ou autre aire ou lieu semblable) d’un ou de plusieurs individus d’une espèce de la nature susdite. Les contrevenants à ces interdictions encourent de lourdes amendes et des peines d’emprisonnement : voir les articles 97 et 98.
[18] L’inscription d’une espèce aquatique comme espèce en voie de disparition ou menacée à l’annexe 1 de la LEP a aussi pour effet d’obliger le ministre à élaborer dans un délai déterminé un programme de rétablissement de cette espèce : voir les paragraphes 37(1) et 42(2) de la LEP. Il doit élaborer un tel programme de rétablissement en collaboration avec divers intéressés : voir l’article 39. Si le ministre conclut que le rétablissement de l’espèce aquatique en voie de disparition ou menacée est réalisable, le programme de rétablissement doit traiter des menaces à sa survie – y compris de toute perte de son habitat – précisées par le COSEPAC, et doit comporter entre autres la désignation de l’habitat essentiel de cette espèce dans la mesure du possible, en se fondant sur la meilleure information accessible, notamment les informations fournies par le COSEPAC, ainsi que des exemples d’activités susceptibles d’entraîner la destruction dudit habitat : voir l’alinéa 41(1)c).
[19] Le projet de programme de rétablissement fait ensuite l’objet d’une consultation publique. Le ministre étudie les observations qui lui sont présentées et apporte au projet les modifications qu’il estime indiquées. Enfin, il met le texte définitif du programme de rétablissement dans le registre public établi pour l’application de la LEP : voir l’article 43. Le ministre est également tenu d’établir, à intervalles de cinq ans, un rapport public sur la mise en œuvre du programme de rétablissement et sur les progrès réalisés dans la poursuite des objectifs qu’il expose : voir l’article 46.
[20] Le ministre doit élaborer un ou plusieurs plans d’action sur le fondement du programme de rétablissement. Un tel plan d’action comporte notamment : la désignation de l’habitat essentiel de l’espèce aquatique et des exemples d’activités susceptibles d’entraîner sa destruction; un exposé des mesures envisagées pour protéger cet habitat; la désignation de toute partie dudit habitat qui n’est pas protégée; et un exposé des mesures à prendre pour mettre en œuvre le programme de rétablissement : voir l’article 47, et les alinéas 49(1)a), b), c) et d).
[21] L’état définitif du programme de rétablissement d’une espèce aquatique inscrite comme espèce en voie de disparition ou menacée a d’importantes conséquences juridiques sous le régime de la LEP, puisque la totalité de l’habitat essentiel qui y est défini doit être protégée : voir l’article 57 et les paragraphes 58(1) à (5) de la LEP. Cette protection est assurée de l’une ou l’autre des manières suivantes :
a) par des dispositions de la LEP ou de toute autre loi fédérale, ou des mesures prises sous leur régime, auquel cas le ministre doit expliquer comment l’habitat essentiel est protégé légalement dans une déclaration de protection établie en application de l’alinéa 58(5)b);
b) par un arrêté de protection que prend le ministre en application des paragraphes 58(1) et (4), où il définit l’habitat essentiel ou la partie de ce dernier qui y est visé.
[22] Comme de nombreuses espèces en voie de disparition ou menacées ne sont pas des espèces aquatiques ou des oiseaux migrateurs et ne relèvent donc pas principalement de la compétence fédérale, la LEP dispose que l’action fédérale en vue d’empêcher la destruction de l’habitat essentiel de la plupart des espèces doit s’exercer en étroite collaboration avec les autorités provinciales et territoriales. Par conséquent, des dispositions distinctes de la LEP régissent la protection de l’habitat essentiel de ces autres espèces vivant ailleurs que sur le territoire domanial : voir les articles 60 et 61 de la LEP. Il n’est cependant pas nécessaire d’examiner ces autres dispositions de la LEP pour les besoins du présent appel, et aucun élément des présents motifs ne doit s’interpréter comme s’y rapportant.
[23] Le ministre peut aussi utiliser les pouvoirs de délivrance de permis et de licences que lui confère la LEP ou une autre loi fédérale pour protéger les espèces sauvages inscrites, leurs habitats essentiels ou leurs résidences ou gîtes : voir les articles 73, 74 et 65 de la LEP.
[24] Les dispositions de la LEP interdisant la capture et le commerce des espèces aquatiques en voie de disparition ou menacées, ainsi que la destruction de leurs gîtes et de leurs habitats essentiels, ne s’appliquent pas aux activités liées à la sécurité ou à la santé publiques, ou à la sécurité nationale, autorisées sous le régime de toute autre loi fédérale : voir les paragraphes 83(1) à 4) de la LEP.
Contexte de l’instance
[25] L’épaulard est le plus grand membre de la famille des dauphins. Doté d’une grande longévité, il est sans prédateur naturel. On trouve des épaulards dans les trois océans qui baignent le Canada ainsi que, à l’occasion, dans la baie d’Hudson et le golfe du Saint-Laurent. En Colombie-Britannique, la présence de l’espèce a été notée dans presque toutes les zones d’eau salée. Trois formes distinctes d’épaulards (ou écotypes) vivent dans les eaux canadiennes du Pacifique : les épaulards migrateurs, hauturiers et résidents. Ces écotypes sont sympatriques, mais isolés socialement. De plus, ils présentent des différences génétiques, morphologiques, comportementales et alimentaires.
[26] Les épaulards résidents représentent l’écotype le mieux connu des trois. Leur organisation sociale est très structurée et leur unité fondamentale est la lignée maternelle, qui comprend tous les survivants d’une lignée femelle. Une lignée maternelle type est composée d’une femelle adulte, de sa progéniture et de celle de ses filles. Les deux sexes demeurent au sein de leur lignée maternelle leur vie durant.
[27] En Colombie-Britannique, les épaulards résidents font partie de deux communautés : la population du nord et la population du sud. Ces populations d’épaulards résidents sont considérées à risque en raison de leur faible effectif, de leur faible taux de reproduction et des diverses menaces anthropiques susceptibles d’empêcher le rétablissement ou de causer d’autres déclins de l’espèce. Au nombre des principales menaces figurent les contaminants environnementaux, la disponibilité et la quantité réduites des proies, et les perturbations physiques et acoustiques. En 2003, la population des épaulards résidents du sud comptait 85 membres, tandis que la population du nord en comptait 205.
[28] En 2001, le COSEPAC a désigné la population du sud au titre de population « en voie de disparition », et la population du nord au titre de population « menacée ». Les deux populations ont été inscrites à l’Annexe 1 de la Loi sur les espèces en péril (LEP) dès que cette loi a été adoptée par le Parlement. Ainsi, en vertu des paragraphes 37(1) et 42(2) de la LEP, le ministre était tenu d’élaborer un programme de rétablissement de ces populations d’épaulards, dans les délais prescrits. À cette fin, une équipe de rétablissement des épaulards résidents (« l’équipe de rétablissement ») composée d’experts indépendants et gouvernementaux a été formée en 2004.
[29] Après une étude approfondie, on a achevé en mai 2006 un projet de programme de rétablissement pour présentation au ministre. La manière dont l’habitat essentiel était défini dans ce projet a suscité des différends entre l’équipe de rétablissement et les fonctionnaires du ministère des Pêches et des Océans. Ces différends ont retardé la publication et l’approbation du programme de rétablissement, qui n’a été mis qu’en mars 2008 dans le registre public établi en application de la LEP.
[30] Selon le paragraphe 58(5) de la LEP, la mise du programme de rétablissement dans le registre obligeait le ministre à assurer dans les 180 jours la protection de l’habitat essentiel qui y était défini. Il pouvait le faire soit en prenant un arrêté de protection sous le régime des paragraphes 58(1) et (4), soit en établissant une déclaration énonçant comment l’habitat essentiel ou la partie en cause de celui-ci étaient protégés légalement par des dispositions d’une loi fédérale. Le ministre n’a pas pris d’arrêté sous le régime de la LEP; il a plutôt mis dans le registre une déclaration énonçant comment l’habitat essentiel des populations d’épaulards en question était selon lui protégé légalement (la déclaration de protection visant les épaulards).
[31] Aux fins de la LEP, la déclaration de protection visant les épaulards limitait le concept d’habitat essentiel à des caractéristiques géophysiques. Cette déclaration désignait donc trois types d’activités humaines susceptibles de détruire les caractéristiques géophysiques de l’habitat essentiel des populations d’épaulards concernées vivant dans les secteurs ciblés. Elle mentionnait en outre diverses dispositions législatives, y compris l’article 35 de la Loi sur les pêches et le paragraphe 22(1) du Règlement de pêche (dispositions générales), DORS/93-53, censées garantir la protection de ces caractéristiques géophysiques. Les paragraphes pertinents de la déclaration de protection visant les épaulards se lisent comme suit :
[traduction]
Les activités humaines susceptibles de détruire les caractéristiques géophysiques de l’habitat essentiel de ces espèces, tel qu’il est défini dans la version finale du programme de rétablissement, et les lois, règlements et/ou politiques fédéraux censés protéger l’habitat contre une telle destruction, sont :
- Les activités industrielles, comme la construction, le forage, le fonçage de pieux, la pose de canalisations et le dragage, et la construction de structures physiques, comme des quais et des enclos en filet pour l’aquaculture
- Habitat protégé en vertu des dispositions de l’article 35 de la Loi sur les pêches et de la section 3 de la partie 7 de la Loi canadienne sur la protection de l’environnement. Cette protection est appuyée par des processus en vertu de la Loi canadienne sur l’évaluation environnementale.
-L’exploitation de navires de pêche qui s’adonnent à la pêche à la traîne sur le fond de l’océan
- Habitat protégé en vertu des dispositions de la Loi sur les pêches ou des règlements pris en vertu de cette loi, en particulier le paragraphe 22(1) du Règlement de pêche (dispositions générales). Cette protection est appuyée par des processus aux termes de la Politique de gestion de l’impact de la pêche sur les zones benthiques vulnérables de Pêches et Océans Canada.
- L’utilisation d’ancres de navires qui peuvent endommager de manière permanente le plancher océanique, ou qui peuvent contribuer à détruire les plages où les épaulards vont se frotter
- Habitat protégé en vertu des dispositions de l’article 35 de la Loi sur les pêches ou de l’article 35 et/ou 36 de la Loi sur les océans. De plus, on continuera d’élaborer et de mettre en œuvre un code de conduite et des interventions visant à sensibiliser les Canadiens à la nécessité de protéger l’habitat de l’épaulard résident.
[32] La difficulté liée à la définition de l’habitat essentiel de l’épaulard sous l’angle de ses caractéristiques géophysiques tenait à ce que certains des éléments les plus importants de l’habitat essentiel, désignés tels dans le programme de rétablissement, étaient laissés sans protection. En effet, le programme de rétablissement avait désigné les perturbations acoustiques, la contamination chimique et biologique, et la disponibilité réduite des proies au titre d’éléments clés de l’habitat essentiel des épaulards. Or, la déclaration de protection visant les épaulards n’englobait pas ces éléments dans l’« habitat essentiel » aux fins de la protection à assurer en vertu de la LEP. La déclaration traitait plutôt ces éléments comme des « éléments de l’écosystème » devant être protégés par des « lois et politiques », plutôt qu’en vertu de la LEP. La déclaration de protection visant les épaulards traitait ces éléments comme suit :
[traduction]
Selon le programme de rétablissement, l’habitat essentiel est une zone géophysique définie. Mais Pêches et Océans Canada (MPO) reconnaît que d’autres éléments de l’écosystème, comme la disponibilité des proies pour s’alimenter et la qualité du milieu, sont importants pour la survie et le rétablissement des épaulards résidents du nord et du sud. Divers outils législatifs et politiques existent pour gérer et atténuer les menaces à ces fonctions de l’habitat essentiel de l’épaulard résident, et aux individus et populations de l’espèce.
-Perturbations
- La gestion et l’atténuation des menaces sont assurées par le Règlement sur les mammifères marins et par les Lignes directrices pour l’observation des baleines élaborées par le MPO en collaboration avec l’industrie.
-Détérioration de l’environnement acoustique
- La gestion et l’atténuation des menaces sont assurées par le Règlement sur les mammifères marins, l’Énoncé des pratiques canadiennes d’atténuation des ondes sismiques en milieu marin, et les protocoles d’utilisation des sonars militaires.
-Qualité du milieu marin
- La gestion et l’atténuation des menaces sont assurées par les dispositions de la Loi sur les pêches, ou des règlements pris en vertu de cette loi, et de la Loi canadienne sur la protection de l’environnement ou des règlements pris en vertu de cette loi.
-Disponibilité des proies
- La gestion et l’atténuation des menaces sont assurées par les dispositions de la Loi sur les pêches, ou des règlements pris en vertu de cette loi, et appuyées par la Politique sur le saumon sauvage et la mise en place de plans de gestion intégrée des pêches.
Chronologie du litige
[33] Les intimés au présent appel ont contesté la légalité de la déclaration de protection de l’épaulard en formant devant la Cour fédérale, en octobre 2008, une demande de contrôle judiciaire tendant à obtenir diverses conclusions déclaratoires, l’annulation de ladite déclaration et le renvoi de l’affaire devant le ministre pour une nouvelle décision sous le régime de l’article 58 de la LEP.
[34] Les intimés soutenaient dans leur demande que l’habitat essentiel des populations d’épaulards en question comprenait non seulement les caractéristiques géophysiques de la zone définie, mais aussi tous les autres éléments recensés dans le programme de rétablissement. Ils faisaient en outre valoir qu’il n’est pas permis au ministre d’invoquer, dans le cadre d’une déclaration de protection, des politiques non exécutoires, ni des dispositions légales futures, ni son pouvoir discrétionnaire.
[35] Cependant, avant l’instruction de cette demande de contrôle judiciaire, le ministre a fait volte-face. Il a pris conjointement avec le ministre de l’Environnement, sous le régime des paragraphes 58(1) et (4) de la LEP, un arrêté qui a été enregistré le 19 février 2009 sous l’intitulé Arrêté visant les habitats essentiels des populations de l’épaulard (Orcinus orca) résidentes du sud et du nord du Pacifique Nord-Est, DORS/2009‑68 (l’arrêté de protection de l’épaulard). On trouvera en annexe des cartes représentant les aires d’habitat essentiel que vise cet arrêté et qui sont les mêmes que celles définies dans le programme de rétablissement.
[36] Peu après la publication de cet arrêté, les intimés au présent appel ont demandé des éclaircissements sur sa portée et sa signification. Le ministre leur a répondu a) en affirmant que l’arrêté de protection de l’épaulard était une solution de rechange facultative à la déclaration de protection de l’épaulard; b) en soutenant qu’il lui était permis de recourir à des outils discrétionnaires et de politique générale; et c) en refusant de confirmer que l’arrêté de protection de l’épaulard protégeait contre la destruction les caractéristiques biologiques de l’habitat essentiel.
[37] Cette réponse n’a pas satisfait les intimés, qui ont en conséquence formé une seconde demande de contrôle judiciaire devant la Cour fédérale. Cette seconde demande contestait la pratique consistant à limiter l’application de l’arrêté de protection pris sous le régime des paragraphes 58(1) et (4) de la LEP à des zones géospatiales et à des caractéristiques géophysiques de l’habitat essentiel.
[38] Les deux demandes de contrôle judiciaire ont été réunies devant la Cour fédérale après que le juge O’Reilly eut rejeté la requête du ministre tendant à faire écarter au motif de son caractère théorique la demande contestant la déclaration de protection des épaulards. Le juge O’Reilly a admis que, étant donné la prise de l’arrêté de protection visant les épaulards, la demande de contrôle judiciaire contestant la déclaration de protection visant les épaulards n’avait plus qu’un caractère théorique. Cependant, il estimait aussi que se posait la question sérieuse de savoir si la Cour fédérale ne devrait pas néanmoins instruire cette demande en vertu du pouvoir discrétionnaire dont elle dispose dans ce cas, pouvoir que, a-t-il expliqué, elle pourrait mieux exercer en examinant les deux demandes sur le fond.
Les motifs et le dispositif de la décision de la Cour fédérale
[39] Le juge de la Cour fédérale, après instruction des deux demandes sur le fond, a prononcé la plupart des conclusions déclaratoires demandées et a donné un exposé détaillé des motifs y afférents.
[40] Pour ce qui concerne la norme de contrôle, le juge de la Cour fédérale a conclu que, comme les points en litige étaient pour l’essentiel des questions d’interprétation législative, la norme applicable était celle de la décision correcte.
[41] Touchant la portée de l’expression « habitat essentiel » pour l’application de la LEP, le juge de la Cour fédérale a conclu que le juge Campbell, de la même Cour, avait décidé cette question de manière concluante dans Environmental Defence Canada c. Canada (Pêches et Océans), 2009 CF 878, 349 F.T.R. 225 (Environmental Defence).
[42] La principale question en litige dans Environmental Defence était celle de la portée de l’expression « habitat essentiel » aux fins de la désignation d’un tel habitat dans un programme de rétablissement en application des alinéas 41(1)c) et c.1) de la LEP. Les demandeurs, dans cette affaire, soutenaient que les éléments constitutifs de l’habitat – et par voie de conséquence de l’habitat essentiel – d’une espèce déterminée « sont un emplacement qu’il est possible de déterminer et les caractéristiques de cet emplacement » : voir Environmental Defence, paragraphe 46. Le juge Campbell a accueilli ce moyen et statué que, pour l’application de la LEP, le terme « aires » employé dans la définition qu’elle donne du terme « habitat » ne désigne « pas seulement [...] un emplacement, mais [...] un emplacement qui comporte ses caractéristiques pouvant être précisées »; voir Environmental Defence, paragraphe 58. Le ministre n’a pas interjeté appel contre l’ordonnance rendue par le juge Campbell dans cette affaire et admet maintenant que la LEP vise non seulement le lieu de l’habitat essentiel, mais aussi ses caractéristiques ou éléments.
[43] Comme, dans la présente espèce, le programme de rétablissement définissait la réduction de la disponibilité de proies, la contamination toxique, ainsi que les perturbations physiques et acoustiques, comme des éléments de l’habitat essentiel des populations d’épaulards en question, le juge de la Cour fédérale a conclu que l’arrêté de protection de l’épaulard devait s’appliquer à tous ces éléments : voir les motifs, paragraphes 163 et 164, et 337 à 339. Qui plus est, le ministre avait en fait concédé ce point devant lui, par suite de la décision Environmental Defence : voir les motifs, paragraphes 159 et 163. Par voie de conséquence nécessaire, la déclaration de protection visant les épaulards était défectueuse aussi puisqu’elle excluait ces éléments de la définition de l’habitat essentiel : voir les motifs, paragraphes 337 à 339.
[44] Le juge de la Cour fédérale a ensuite rejeté l’argument du ministre selon lequel les conclusions déclaratoires demandées au sujet de l’arrêté de protection de l’épaulard outrepassaient la compétence de la Cour fédérale. Le ministre soutenait en effet que l’arrêté de protection de l’épaulard n’était pas une « décision » susceptible de contrôle judiciaire, mais plutôt un « règlement » au sens de la Loi sur les instruments réglementaires, L.R.C. 1985, ch. S-22, échappant à ce titre au contrôle judiciaire. Cet argument n’a pas convaincu le juge de la Cour fédérale, qui a conclu que le législateur n’avait pas mis à l’abri du contrôle judiciaire les décisions prises sous le régime du paragraphe 58(5) de la LEP, que ce soit par une clause privative ou par un autre moyen. Selon lui, la LEP ouvrait manifestement droit au recours judiciaire et fixait des obligations au ministre, dont les mesures prises en vertu de cette loi étaient assujetties au contrôle de la Cour fédérale voir les motifs, paragraphes 183 et 184.
[45] Le juge de la Cour fédérale a aussi décidé d’instruire la demande concernant la déclaration de protection visant les épaulards en dépit du fait que la prise de l’arrêté de protection de l’épaulard lui eût enlevé sa portée pratique. Appliquant les critères formulés dans l’arrêt Borowski c. Canada (Procureur général), [1989] 1 R.C.S. 342, il a conclu que, étant donné les questions de droit fondamentales que soulevait l’instance, il restait bel et bien un litige actuel entre les parties : voir les motifs, paragraphes 242 à 245. Il a également conclu que ces questions étaient d’importance générale pour l’interprétation et l’application de la LEP : voir les motifs, paragraphes 250 et 251.
[46] Le juge de la Cour fédérale a ensuite statué qu’il n’est pas permis à un ministre compétent de recourir à une autre loi fédérale comme solution de rechange à un arrêté de protection, à moins que cette loi n’assure à l’habitat essentiel un niveau de protection égal à celui que lui garantirait un tel arrêté : voir les motifs, paragraphes 257 et 272. Il a statué ainsi sur la base d’une interprétation téléologique des dispositions applicables de la LEP, ayant conclu que le législateur avait voulu limiter le pouvoir discrétionnaire ministériel pour ce qui concerne la protection de l’habitat essentiel des espèces en voie de disparition et menacées : voir les motifs, paragraphes 277 à 280.
[47] Le juge de la Cour fédérale a ensuite conclu qu’il n’était pas permis d’utiliser la Loi sur les pêches ni ses règlements d’application comme solution de rechange à un arrêté de protection. Cette conclusion se fondait sur le caractère hautement discrétionnaire des vastes pouvoirs conférés au ministre par ce régime, qui lui donnait notamment toute latitude pour autoriser la destruction d’un habitat de poissons sous le paragraphe 35(2) de la Loi sur les pêches et pour assortir les permis de pêche de conditions sous l’article 22 du Règlement de pêche (dispositions générales) : voir les motifs, paragraphes 320 et 321.
[48] Le juge de la Cour fédérale a aussi écarté l’article 36 de la Loi sur les pêches – qui interdit de rejeter des substances nocives dans des eaux où vivent des poissons – au motif qu’il permet néanmoins d’autoriser de tels rejets par voie réglementaire, « à la discrétion du Cabinet » : voir les motifs, paragraphe 325.
[49] Le juge de la Cour fédérale a ensuite formulé onze conclusions déclaratoires, dont voici le texte :
1. Pour ce qui est de la demande relative à la déclaration de protection :
a. le ministre des Pêches et des Océans a commis une erreur de droit en décidant que l’habitat essentiel des épaulards était déjà légalement protégé par des lois existantes du Canada;
b. l’article 58 de la LEP exige que les ministres compétents protègent légalement tous les éléments de l’habitat essentiel;
c. des programmes de sensibilisation, des programmes de gestion, des codes volontaires de conduite ou de pratiques, des protocoles volontaires ou des lignes directrices volontaires et des politiques ne protègent pas légalement l’habitat essentiel au sens de l’article 58 de la LEP, et il était illégal que le ministre cite dans la déclaration de protection des documents de politique générale;
d. le pouvoir discrétionnaire ministériel ne protège pas légalement l’habitat essentiel au sens de l’article 58 de la LEP, et il était illégal que le ministre cite dans la déclaration de protection des dispositions de nature discrétionnaire de la Loi sur les pêches;
e. les lois prospectives et les règlements non encore en vigueur ne protègent pas légalement l’habitat essentiel au sens de l’article 58 de la LEP, et il était illégal que le ministre cite dans la déclaration de protection des dispositions qui ne sont pas encore en vigueur;
f. les lois provinciales ne protègent pas légalement l’habitat essentiel au sens de l’article 58 de la LEP, et il était illégal que le ministre cite dans la déclaration de protection des lois provinciales.
2. Pour ce qui est de la demande relative à l’arrêté de protection :
a. les ministres ont agi illégalement en restreignant l’application et la portée de l’arrêté de protection pris en vertu du paragraphe 58(4) de la LEP;
b. les ministres sont tenus en vertu de l’article 58 de protéger légalement tous les éléments de l’habitat essentiel des épaulards résidents contre leur destruction;
c. les ministres ont agi illégalement en limitant l’application et la portée de l’interdiction de destruction prévue au paragraphe 58(1) de la LEP à certains éléments de l’habitat essentiel, alors que cette interdiction s’applique à tous les éléments;
d. les ministres ont commis une erreur de droit en limitant l’application et la portée de l’arrêté de protection de façon à ne protéger légalement que les éléments géophysiques de l’habitat essentiel;
e. il était illégal que les ministres excluent de la portée de l’arrêté de protection les caractéristiques écosystémiques de l’habitat essentiel des épaulards résidents, y compris la disponibilité de proies et les facteurs acoustiques et environnementaux.
Les questions en litige dans le présent appel
[50] Bien que le ministre de l’Environnement fût codéfendeur devant la Cour fédérale, seul le ministre des Pêches et des Océans s’est pourvu en appel devant notre Cour. En outre, l’appel du ministre ne concerne qu’une des conclusions déclaratoires du juge de la Cour fédérale, à savoir la conclusion 1d), qui porte que le pouvoir discrétionnaire ministériel ne protège pas légalement l’habitat essentiel au sens de l’article 58 de la LEP et qu’il était par conséquent illégal de la part du ministre de citer dans la déclaration de protection visant les épaulards des dispositions de nature discrétionnair